金属表面小分子吸附

一心搞科研

我想做银表面NH3分子的吸附，经论坛里前辈指点，打算使用MS构建模型然后使用Castep进行结构优化及红外振动计算。现有如下问题，特来求教：1、现在Ag（111）切好以后不知道如何构建NH3分子，以及如何放到Ag（111）表面，看教程说通过添加原子，输入坐标确定。但是NH3分子离Ag表面的距离如何确定？其他三个H原子的坐标又如何确定？能否从Gaussview中画好NH3的结构导入？

2、由于我对Castep不熟悉，现在想MS切好Ag(111)晶面后导入GV，加上NH3分子后用Gaussian进行优化及计算，不知道是否可行？使用Castep计算红外的话又该如何操作？

谢谢大家不吝赐教！

raitoliu

1. 先从自己预先构想的吸附点拉出一个Ag-N键。 这个是MS的软件操作上的问题。然后再把3个H画出来，这个距离没有确定的。Ag-N可以参考文献。取个接近值再去优化。用直接输坐标的话感觉很困难。坐标输入还是在特殊情况下用。
2. 没用过高斯算过。sob在基础量化培训班的周期性计算也只是提了一下，主流的还是用VASP CASTEP算。

ps：用VASP的话记得用个编译器把坐标顺序和贗势对齐。

灰白白白白

我是这样做的，直接画一个NH3分子，然后Build Crystal-Rebuild Crystal。
吸附的话，选金属文件，点吸附工具就好了。

zyj19831206

1.其实你重新打开一个新文件，画出NH3分子，复制粘贴进Ag111表面也是可以的，距离控制可以通过MS上面的距离按钮。
2.这种有晶面的计算最好还是用CASTEP和VASP这种第一性原理的软件，gv跑这种晶体类的结构速度非常慢。

sobereva

切出一个表面团簇模型用于研究吸附，在高斯里计算是完全可以的，很常见，比如DFT-D3的原文里就有相应模型。但是如果你想当成二维周期性体系在高斯里做PBC计算，原子数稍微一多就会很吃力，而且功能限制很大，还不如用团簇模型研究。

一心搞科研

raitoliu 发表于 2017-5-9 10:10
1. 先从自己预先构想的吸附点拉出一个Ag-N键。 这个是MS的软件操作上的问题。然后再把3个H画出来，这个距离 ...

好的，谢谢你。

一心搞科研

灰白白白白 发表于 2017-5-9 10:47
我是这样做的，直接画一个NH3分子，然后Build Crystal-Rebuild Crystal。
吸附的话，选金属文件，点吸附工 ...

谢谢，很受启发。

一心搞科研

zyj19831206 发表于 2017-5-9 12:18
1.其实你重新打开一个新文件，画出NH3分子，复制粘贴进Ag111表面也是可以的，距离控制可以通过MS上面的距离 ...

好的，谢谢，我用了吸附工具把NH3导进去了。高斯算的是慢，都十几个小时了还没动静。

一心搞科研

sobereva 发表于 2017-5-9 12:34
切出一个表面团簇模型用于研究吸附，在高斯里计算是完全可以的，很常见，比如DFT-D3的原文里就有相应模型。 ...

谢谢大神，已经用MS建好模型了，C:\Users\Administrator\Desktop\Ag_NH3.png
麻烦老师看一下这样能否继续用Castep计算红外振动？

ggdh

你这个有点大。建议你先弄2层银先算一遍试试。把流程走一遍。然后再把Ag层加厚

hakuna

一心搞科研 发表于 2017-5-9 13:51
谢谢大神，已经用MS建好模型了，
麻烦老师看一下这样能否继续用Castep计算红外振动？

NH3不要随意放里面，金属表面上，NH3的吸附是通过N上孤对实现的

一心搞科研

ggdh 发表于 2017-5-9 14:05
你这个有点大。建议你先弄2层银先算一遍试试。把流程走一遍。然后再把Ag层加厚

是啊，我是那样就直接放进去算了，结果算了半天了还没结束。

一心搞科研

hakuna 发表于 2017-5-9 17:48
NH3不要随意放里面，金属表面上，NH3的吸附是通过N上孤对实现的

我不是随便放的，我是先建好NH3分子模型，然后用吸附工具计算，这个是计算结果Ag(111) Adsorption Anneal中的文件，请问这样可以吗？

hakuna

一心搞科研 发表于 2017-5-9 22:37
我不是随便放的，我是先建好NH3分子模型，然后用吸附工具计算，这个是计算结果Ag(111) Adsorption Anneal ...

我指的是NH3相对于表面的方式

一心搞科研

hakuna 发表于 2017-5-10 21:43
我指的是NH3相对于表面的方式

恩，计算发现hollow site 的可能性更大，我的NH3放在了这个位置。谢谢提醒。