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[GROMACS] 求助:分子残基不在残基拓扑数据库中怎么办

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在GROMACS中使用了GROMOS 53a6力场, 运行之后,显示在残基拓扑数据库中未找到残基'MOL,该怎么解决?

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所念皆星河

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
提问前先仔细阅读《在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整》http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

心之所向,日复一日,必有精进

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发表于 Post on 前天 02:36 | 只看该作者 Only view this author
别把英文提示用机器翻译成中文贴出来,纯属添乱

认真看楼上提到的我的帖子,你当前在干什么都必须完整交代清楚。倘若你是在用pdb2gmx,说明rtp里没定义叫MOL的残基信息。搞清楚pdb2gmx的基本运作机制、用处再去用,别稀里糊涂当黑箱用。北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)非常系统完整讲了GROMACS,学一遍就彻底全明白了。其中专门说了pdb2gmx的基本知识和用法,参考其中的幻灯片



如果MOL是个小分子,十分推荐用sobtop产生拓扑文件,看主页http://sobereva.com/soft/Sobtop和下文
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html
北京科音分子动力学与GROMACS培训班给了基于sobtop产生拓扑文件的大量的模拟例子。




北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 15:45 | 只看该作者 Only view this author
含光君 发表于 2025-8-19 22:54
提问前先仔细阅读《在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整》http://b ...

感谢回复,我是个新手

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 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 15:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-20 02:36
别把英文提示用机器翻译成中文贴出来,纯属添乱

认真看楼上提到的我的帖子,你当前在干什么都必须完整交 ...

感谢,第一次用GROMACS,之前没系统学习过,我好好看一下

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