求助，使用GROMACS模拟疏水力的时候，模拟作用程和试验差别很大，审稿人问这个怎么回

ljs

模拟的疏水力作用程只有1nm左右，但试验的短程疏水力也有20nm。这可能是因为截断距离以及模拟本身的限制产生的吗？

chenzhe

你弄错一个事情，你把疏水作用当成简单的范德华作用了（虽然你没明说，但1nm左右，应该就是这个）。疏水作用本质是熵效应，根本不是范德华作用。比如油分子丢水里面，油周围水分子其实会变有序，即熵降低，但是整个过程肯定是熵增的，要想变成稳定状态，就必须把水排开，那么两个远离的油分子就会自发靠近，最终聚集一起（这就是实验中疏水作用为何如此长程的原因，实验中如果只是范德华作用也在1nm就没了，MD不是瞎设的截断，是因为实验结果如此）。实际疏水作用是因为疏水分子加入改变了周围水分子的氢键排布，疏水作用恰恰是是”水作用“。距离远无非是靠拢的时间增加了，但最终一定会靠拢。如果你算力足够大，弄一个50x50x50nm盒子，放两个油水分子在两端，其余充满谁，只要MD时间足够长，照样油分子会聚集。按你说的说法油分子永远不可能聚集，但这明显不对。

sobereva

“模拟的疏水力作用程只有1nm左右” 不知道你是如何得到的结论。如果是计算相互作用的截断半径，这和疏水作用是两码事，疏水作用来自于溶剂的熵效应，不体现在势函数的计算层面