VESTA可以像MS一样，播放每一帧xyz文件吗？

THY · 发表于 Post on 2025-7-20 22:04:32

各位老师，请问VESTA可以像MS一样，播放每一帧xyz文件吗？

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-7-20 22:13:57

经我尝试，当前3.5.8版的VESTA只会载入多帧xyz文件的第一帧，显然是没法播放轨迹了。多帧xyz文件适合用VMD来看，又免费又能灵活调节显示效果（包括模仿VESTA部分风格等）。

THY · 发表于 Post on 2025-7-21 09:19:27

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-7-20 22:13
经我尝试，当前3.5.8版的VESTA只会载入多帧xyz文件的第一帧，显然是没法播放轨迹了。多帧xyz文件适合用VMD ...

谢谢老师，我也发现只能播放第一帧，所以来问问

XXDD · 发表于 Post on yesterday 16:49

请问一下MS怎么播放xyz的每一帧，为啥我用cp2k模拟得到的xyz文件拖不进去

chenzhe · 发表于 Post on yesterday 16:52

XXDD 发表于 2025-8-13 16:49
请问一下MS怎么播放xyz的每一帧，为啥我用cp2k模拟得到的xyz文件拖不进去

直接拖进去，ms就会自动转xtd

XXDD · 发表于 Post on yesterday 19:29

chenzhe 发表于 2025-8-13 16:52
直接拖进去，ms就会自动转xtd

我这边就是拖不进去，直接拖就会报错，这里回复不知道为啥不能放图片，我放在下面了，麻烦看看

XXDD · 发表于 Post on yesterday 19:30

这是报错的内容

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on yesterday 19:58

XXDD 发表于 2025-8-13 19:29
我这边就是拖不进去，直接拖就会报错，这里回复不知道为啥不能放图片，我放在下面了，麻烦看看

都用CP2K了，要不直接像http://bbs.keinsci.com/thread-52567-1-1.html这样用VMD看吧，还是说有什么效果或功能是M$有而VMD无法实现的……？

XXDD · 发表于 Post on 3 hour ago

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-13 19:58
都用CP2K了，要不直接像http://bbs.keinsci.com/thread-52567-1-1.html这样用VMD看吧，还是说有什么效果 ...

我想用一个脚本统计盒子内的氢键情况，找到的教程是用MS运行的，所以就想用ms模拟然后运行脚本，cp2k那个我只会模拟，这个脚本我不知道该咋弄

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 1 hour ago

XXDD 发表于 2025-8-14 09:27
我想用一个脚本统计盒子内的氢键情况，找到的教程是用MS运行的，所以就想用ms模拟然后运行脚本，cp2k那个 ...

VMD本身就有按几何判据统计氢键的measure hbonds语句，如果要统计的氢键的给体与受体是分立的选区、保证均在周期性边界条件的盒子内，那可以写tcl脚本在VMD里统计。或者也可以尝试借助gromacs的gmx hbond或gmx hbond-legacy来统计，不过需要转换tpr和gro之类的文件格式，VMD倒也可以转换。另外http://bbs.keinsci.com/thread-43167-1-1.html也提到了很多偏向python生态的轨迹分析库。

实在要载入M$并用你说的（大概率后缀.pl的）脚本分析的话，那只能想法看手册教程（我没用过这玩意）弄清楚它对xyz文件记录原子坐标的行有什么奇怪的格式要求了。反正CP2K输出的多帧xyz轨迹文件是挺标准的。

顺便说一句，xyz文件不包含周期性边界条件的盒子信息，得额外设置一下。

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[建模与可视化] VESTA可以像MS一样，播放每一帧xyz文件吗？

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