amber与gaussian连用跑QM/MM MD最小化出错

15whyhq · 发表于 Post on 2017-3-31 08:59:11

如图所示这是哪里出错了，谢谢！

小范范1989 · 发表于 Post on 2017-3-31 10:11:58

咨询一下楼主，你是如何实现这个amber+gaussian做qm/mm的呢？

15whyhq · 发表于 Post on 2017-3-31 11:03:07

小范范1989 发表于 2017-3-31 10:11
咨询一下楼主，你是如何实现这个amber+gaussian做qm/mm的呢？

没有实现啊第一步最小化都没有跑成功的

agent99 · 发表于 Post on 2017-4-4 06:19:57

输出文件没报错啊，你确定程序已经停止运行？

15whyhq · 发表于 Post on 2017-4-4 14:15:14

agent99 发表于 2017-4-4 06:19
输出文件没报错啊，你确定程序已经停止运行？

确定已经停止运行了

agent99 · 发表于 Post on 2017-4-5 02:14:38

15whyhq 发表于 2017-4-4 14:15
确定已经停止运行了

有没有生成Gaussian的输入文件和输出文件？如果有的话，里面有没有报错？

15whyhq · 发表于 Post on 2017-4-5 08:15:25

agent99 发表于 2017-4-5 02:14
有没有生成Gaussian的输入文件和输出文件？如果有的话，里面有没有报错？

没有生成输入输出文件
这是我按照amber12说明书写的模板文件，麻烦帮忙看看，有没有什么问题。谢谢

15whyhq · 发表于 Post on 2017-5-3 21:15:56

在提交amber作业脚本里面加上高斯的脚本，为啥还是不能调用高斯呢？能帮忙看下这个脚本哪里还需要改吗？谢谢！

15whyhq · 发表于 Post on 2017-5-3 21:41:20

这句话是什么意思呢？"executable must be in the path" g09的什么可执行文件要在什么路径呢？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2017-5-4 11:19:31

15whyhq 发表于 2017-5-3 21:41
这句话是什么意思呢？"executable must be in the path" g09的什么可执行文件要在什么路径呢？谢谢！

即直接用g09命令就可以调用g09，换句话说g09可执行文件的目录已经被纳入了PATH环境变量（不需要手动纳入，只要按照正规方式安装高斯，这自然而然就满足了）

15whyhq · 发表于 Post on 2017-5-4 16:13:57

sobereva 发表于 2017-5-4 11:19
即直接用g09命令就可以调用g09，换句话说g09可执行文件的目录已经被纳入了PATH环境变量（不需要手动纳入 ...

老师，g09命令是什么呢？谢谢！

15whyhq · 发表于 Post on 2017-5-4 17:20:53

amber12说明书里面的这句话说的如果不使用周期性边界条件，qmcut的值要大于 system size，在里的 system size指的是盒子的大小还是其他的呢？谢谢！

夏之大三角 · 发表于 Post on 2017-5-19 21:47:26

就是看一下直接在终端输g09 xx.gjf是否能正常运行；如果不行就去添加gauss相关到环境变量
大于system size就是指的box size，相当于不设cut，qmmm处理周期性体系比较费劲

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