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楼主 Author: kjxwl3
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[Amber] Amber的电荷的问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-20 00:10:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-19 21:14
如果你要用于水溶液下模拟,用HF必须在气相下做,用DFT必须在隐式溶剂模型下做,后者原理上更合理,后 ...

难怪我之前的DFT的结果总是不好,我是模拟水溶液的MD,电荷都是采用气相的DFT得到的。现在我模拟的是界面问题,有两相,一相是水,另一相是氯仿,该怎么选择隐式溶剂。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-20 00:11:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-19 21:14
如果你要用于水溶液下模拟,用HF必须在气相下做,用DFT必须在隐式溶剂模型下做,后者原理上更合理,后 ...

这个有什么原因么,为什么HF一定要在气相下做,而DFT必须得用隐式溶剂化模型。

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发表于 Post on 2017-9-20 11:36:51 | 只看该作者 Only view this author
kjxwl3 发表于 2017-9-20 00:11
这个有什么原因么,为什么HF一定要在气相下做,而DFT必须得用隐式溶剂化模型。


HF在气相下计算会高估20%左右偶极矩,这正巧可以近似表现在实际水溶液中溶质被极化效果
而DFT没有高估现象,必须结合隐式溶剂模型,算出来的电荷才能实际反应水当中溶质电荷被极化

固定电荷模型注定没法对于在极性和非极性溶剂下的情况都描述好,除非你用可极化力场。如果注定要用固定电荷模型,那DFT+SCRF计算时候干脆把溶剂属性取水和氯仿的平均。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-20 22:23:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-20 11:36
HF在气相下计算会高估20%左右偶极矩,这正巧可以近似表现在实际水溶液中溶质被极化效果
而DFT没有高估 ...

如果是post-hf的话,比如mp2,也还是得用隐式溶剂化模型吧。

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发表于 Post on 2017-9-20 23:29:29 | 只看该作者 Only view this author
kjxwl3 发表于 2017-9-20 22:23
如果是post-hf的话,比如mp2,也还是得用隐式溶剂化模型吧。

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发表于 Post on 2017-9-22 00:08:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-20 11:36
HF在气相下计算会高估20%左右偶极矩,这正巧可以近似表现在实际水溶液中溶质被极化效果
而DFT没有高估 ...

我有个问题需要明确下
MD模拟的情况下,大部分小分子是处于蛋白环境,那拟合电荷的时候,DFT计算的隐式溶剂模型的介电常数设置为多少合适呢,我记得水是4,而蛋白环境貌似高点???

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发表于 Post on 2017-9-22 15:53:00 | 只看该作者 Only view this author
syjohn 发表于 2017-9-22 00:08
我有个问题需要明确下
MD模拟的情况下,大部分小分子是处于蛋白环境,那拟合电荷的时候,DFT计算的隐式 ...

水的介电常数是78
蛋白质不好说,和蛋白质特征有关系。不讲究的话,设4完了
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发表于 Post on 2017-9-25 08:35:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-22 15:53
水的介电常数是78
蛋白质不好说,和蛋白质特征有关系。不讲究的话,设4完了

明白了,所以说算结合自由能的话跟小分子的电荷还是有很大的关系的。
这个得看具体的体系进行具体分析

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