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[Amber] Amber的电荷的问题

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各位大神:
     想向大家请教一下啊,amber里面只能用resp和bcc计算的电荷么,可否把用其它方法计算的电荷写进去,比方说Hirshfield电荷?

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发表于 Post on 2017-3-20 16:57:07 | 只看该作者 Only view this author
绝对不要用Hirshfeld电荷用于分子模拟,因为对分子表面静电势重现性非常差,因此不能正确表现分子间静电相互作用。讨论看
原子电荷计算方法的对比(http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml
尤其是文中的第7节。
用Hirshfeld的改良版ADCH结果比Hirshfeld好得多,对静电势重现性良好,可以用于分子动力学模拟目的。ADCH电荷计算方法看Multiwfn手册4.7.2节的例子。

得到电荷后,把电荷拷到相应的库文件里即可。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-20 19:03:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-20 16:57
绝对不要用Hirshfeld电荷用于分子模拟,因为对分子表面静电势重现性非常差,因此不能正确表现分子间静电相 ...

非常感谢!我会尝试这个ADCH电荷,还有哪些电荷可以用于动力学模拟,比方说NPA电荷可以么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-20 19:35:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-20 16:57
绝对不要用Hirshfeld电荷用于分子模拟,因为对分子表面静电势重现性非常差,因此不能正确表现分子间静电相 ...

这个ADCH电荷Multiwfn可以计算么

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发表于 Post on 2017-3-20 22:52:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-20 16:57
绝对不要用Hirshfeld电荷用于分子模拟,因为对分子表面静电势重现性非常差,因此不能正确表现分子间静电相 ...

sob老师,在amber中可以电荷混用么,我对某一个残基采用的是am1-bcc的电荷,而其它的残基采用resp的电荷。可以这样做么

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发表于 Post on 2017-3-21 00:33:03 | 只看该作者 Only view this author
kjxwl3 发表于 2017-3-20 19:35
这个ADCH电荷Multiwfn可以计算么

仔细看我的那篇文章,里面第7节给了个表,很清楚地说表明了不同原子电荷对静电势的重现性,显然NPA不能用,对静电势重现性那么烂

怎么用Multiwfn计算ADCH电荷在2L已经明确说明了。
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发表于 Post on 2017-3-21 00:38:45 | 只看该作者 Only view this author
lujun 发表于 2017-3-20 22:52
sob老师,在amber中可以电荷混用么,我对某一个残基采用的是am1-bcc的电荷,而其它的残基采用resp的电荷 ...

虽然不至于定性错误,但最好还是统一,否则被问到的时候不好说清楚
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发表于 Post on 2017-3-21 00:43:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-21 00:38
虽然不至于定性错误,但最好还是统一,否则被问到的时候不好说清楚

好的,谢谢sob老师!
我个人感觉,有时候am1-bcc的电荷可能会比resp的电荷更加靠谱。我做的结果发现am1-bcc的电荷值计算出的md更加符合实验值。而resp稍差。

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发表于 Post on 2017-3-21 01:27:38 | 只看该作者 Only view this author
lujun 发表于 2017-3-21 00:43
好的,谢谢sob老师!
我个人感觉,有时候am1-bcc的电荷可能会比resp的电荷更加靠谱。我做的结果发现am1- ...

虽然AM1-BCC的初衷是RESP的近似,但结果不一定比RESP差。你的结果一定程度说明这一点,但也有可能是与其它力场参数和模拟参数的误差抵消的原因
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-21 10:59:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-21 00:33
仔细看我的那篇文章,里面第7节给了个表,很清楚地说表明了不同原子电荷对静电势的重现性,显然NPA不能用 ...

谢谢sob老师!我用Multiwfn算了ADCH的电荷,打算试试这个电荷的效果,直接把这个电荷粘贴到mol2文件里面去,之前是bcc的,在mol2文件里面有一个电荷标记:
@<TRIPOS>MOLECULE
CRO
   48    48     1     0     0
SMALL
bcc
这里它是bcc的标记,会不会有问题?我直接把我的电荷写入进去,应该没有问题,因为电荷项的计算公式肯定是没有变的,不会管是bcc还是resp。

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发表于 Post on 2017-3-21 14:52:18 | 只看该作者 Only view this author
kjxwl3 发表于 2017-3-21 10:59
谢谢sob老师!我用Multiwfn算了ADCH的电荷,打算试试这个电荷的效果,直接把这个电荷粘贴到mol2文件里面 ...

不用管这个。而且mol2里面也并不记录原子电荷。你需要改的是力场的库文件中的电荷值,比如amber就是小分子的prepin文件,gromacs就是小分子的itp文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-18 23:41:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-21 01:27
虽然AM1-BCC的初衷是RESP的近似,但结果不一定比RESP差。你的结果一定程度说明这一点,但也有可能是与其 ...

我现在也做了其它的一些配体,发现am1-bcc计算的电荷值往往会比resp更负。很难以得知哪个电荷的结果会更好。

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发表于 Post on 2017-9-19 09:47:19 | 只看该作者 Only view this author
kjxwl3 发表于 2017-9-18 23:41
我现在也做了其它的一些配体,发现am1-bcc计算的电荷值往往会比resp更负。很难以得知哪个电荷的结果会更 ...

原理上RESP更好
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-19 15:52:31 | 只看该作者 Only view this author

那这个RESP使用DFT的还是HF的,我感觉HF模拟出来的结果更加靠谱些,DFT的定性都不对。

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发表于 Post on 2017-9-19 21:14:04 | 只看该作者 Only view this author
kjxwl3 发表于 2017-9-19 15:52
那这个RESP使用DFT的还是HF的,我感觉HF模拟出来的结果更加靠谱些,DFT的定性都不对。

如果你要用于水溶液下模拟,用HF必须在气相下做,用DFT必须在隐式溶剂模型下做,后者原理上更合理,后期的amber力场都是后者的做法

2019-May-15补充:关于RESP适合的计算级别问题,在此文里有详述
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
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