gromacs跑完动力学后用gmxMMPBSA软件进行残基能量分解遇到问题

lmtt · 发表于 Post on 2025-5-10 13:49:12

本帖最后由 lmtt 于 2025-5-10 13:49 编辑

各位老师好，gromacs跑完抗原抗体动力学模拟之后，提取轨迹在gmxMMPBSA软件（1.6.1版本）进行残基能量分解，输入文件mmpbsa.in如（图1），发现输出文件FINAL_DECOMP_MMPBSA.csv中所有的Non-Polar Solv.项数值都为零（如图2），请问：
1.这是因为in文件参数设置不完全吗？
2.我的in文件参数设置有哪些问题吗？
3.这种情况可能是哪些原因造成的呢？

Loading0760 · 发表于 Post on 2025-5-12 10:45:06

试试改一下&pb里的inp参数,改成2看看会不会好点

lmtt · 发表于 Post on 2025-5-13 13:58:42

Loading0760 发表于 2025-5-12 10:45
试试改一下&pb里的inp参数,改成2看看会不会好点

不行欸，改成2后还是0

student0618 · 发表于 Post on 2025-5-13 15:05:51

是否因为这个？ (截图来自https://valdes-tresanco-ms.githu ... ile/#the-input-file

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