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[GROMACS] vmd加载不了动画

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求助,我gormacs动力学模拟后的结果,vmd导入gro文件和md.xtc,只显示第一帧的结构,后面每帧的结构都不显示,动画也不能播放。但是总帧数是对的,就是没有动画。是什么原因啊?

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发表于 Post on 2025-4-28 13:01:28 | 只看该作者 Only view this author
载入方式不对
确保xtc载入到了与gro相同的ID里
注意正确拼写GROMACS
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-4-28 21:04:57 | 只看该作者 Only view this author
试试把第一帧删除,就是导入gro文件后,delete frames选择0到1,然后加载和gro文件同名的xtc轨迹文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-29 10:33:04 | 只看该作者 Only view this author
HeBingkun-JNU 发表于 2025-4-28 21:04
试试把第一帧删除,就是导入gro文件后,delete frames选择0到1,然后加载和gro文件同名的xtc轨迹文件

太感谢了,你的方法管用了。,我能问一下这是什么原因吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-29 10:34:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-28 13:01
载入方式不对
确保xtc载入到了与gro相同的ID里
注意正确拼写GROMACS

嗯嗯,相同得ID是指什么?我也是才开始做,比较小白。不过用楼下得大佬的方法,可以播放了。我能问一下这是什么原因导致的吗?非常感谢

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发表于 Post on 2025-4-29 11:12:24 | 只看该作者 Only view this author
bobobo123 发表于 2025-4-29 10:34
嗯嗯,相同得ID是指什么?我也是才开始做,比较小白。不过用楼下得大佬的方法,可以播放了。我能问一下这 ...

就是你在导入的时候有一个load files for的选项,先导入gro,后面的xtc确保是load for刚导入的结构,这样就相当于给结构轨迹信息

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发表于 Post on 2025-4-29 15:45:44 | 只看该作者 Only view this author
bobobo123 发表于 2025-4-29 10:34
嗯嗯,相同得ID是指什么?我也是才开始做,比较小白。不过用楼下得大佬的方法,可以播放了。我能问一下这 ...

说的是一码事
文件直接拖到VMD main窗口里载入会产生一个新ID
xtc里面没有原子名信息,直接拖入VMD main载入,只提供了VMD各帧的坐标信息,显然无法显示

北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)讲VMD的部分很详细讲了怎么正确载入

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