求助算分子间相互作用LJ-SR值偏大

horno · 发表于 Post on 2025-4-12 15:54:41

求问各位大佬，这个算两个分子间相互作用哪里出了问题，得到的LJ-SR值偏大。

em.mdp (560 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3)

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Stardust0831 · 发表于 Post on 2025-4-12 16:12:31

mdp的这一段不合理

cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME

复制代码

用上面那个设定跑出轨迹以后，需要改成这个以后再rerun一下：

cutoff-scheme = group
coulombtype = cutoff

复制代码

另外，现在是组里所有分子的LJ相互作用之和，而不是单个分子的。
如果需要归一到单个TA或者CNT和对方的相互作用，除以盒子里的分子数。
组间相互作用需要是LJ和coul这两种相互作用之和，LJ只是相互作用中的其中一个成分。
基于的是em的轨迹来分析相互作用那必然是不可靠的，正经至少跑个几ns的md再统计吧。

horno · 发表于 Post on 2025-4-12 16:24:20

Stardust0831 发表于 2025-4-12 16:12
mdp的这一段不合理
用上面那个设定跑出轨迹以后，需要改成这个以后再rerun一下：
另外，现在是组里所有分 ...

谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2025-4-13 01:40:54

你明明已经在http://bbs.keinsci.com/thread-52836-1-1.html问了几乎和本帖相同的问题，居然又发个帖子问一遍。极其相关问题在一个帖子里问，避免扰乱论坛秩序

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[GROMACS] 求助算分子间相互作用LJ-SR值偏大

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