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[GROMACS] 求助:利用sobtop生成分子itp文件,真空下模拟能量最小化不收敛

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各位老师好,我想计算电解液体系中锂离子周围溶质分子分布的RDF/CN,其中有一种溶质分子是DFEC:双氟碳酸乙烯酯(cas311810-76-1),利用g16做了分子的优化+振动分析,借助sobtop生成了itp文件,想要检验拓扑文件的合理性,想在真空中跑MD,但是在能量最小化这一步无法收敛,检查生成的em.gro文件,分子结构并无问题,麻烦各位老师帮忙查看,指点一下

DFC.png (32.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

分子结构

分子结构

能量最小化.png (15.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

能量最小化报错详情

能量最小化报错详情

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发表于 Post on 2025-4-10 19:22:37 | 只看该作者 Only view this author
这个哪里报错了,不是正常结束了

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发表于 Post on 2025-4-11 01:43:29 | 只看该作者 Only view this author
连个error甚至warning都没有,怎么想到报错了?
并且sobtop主页里我使劲强调了,普通有机体系应当直接用GAFF的参数,甭基于Hessian算力场参数,认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ11
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-11 09:17:49 | 只看该作者 Only view this author
pal 发表于 2025-4-10 19:22
这个哪里报错了,不是正常结束了

谢谢老师,因为看到势能是2.3581814e+03,所以想着是有问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-11 09:25:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-11 01:43
连个error甚至warning都没有,怎么想到报错了?
并且sobtop主页里我使劲强调了,普通有机体系应当直接用GA ...

谢谢sob老师,我最开始是根据例2(不基于Hessian算力场参数),但是NVT会报错,排查了各个分子,发现是DFEC 分子的问题,所以又重新根据例1来算了力场参数

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发表于 Post on 2025-4-11 14:23:41 | 只看该作者 Only view this author
芮啦 发表于 2025-4-11 09:25
谢谢sob老师,我最开始是根据例2(不基于Hessian算力场参数),但是NVT会报错,排查了各个分子,发现是DF ...

用GAFF描述这个不会有什么问题,成键方式很普通
刻意用DRIH还可能更糟
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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