5070TI编译GPU加速版gromacs2024.3，显示cuda支持，使用时报错求助

zep · 发表于 Post on 2025-4-7 12:46:13

本帖最后由 zep 于 2025-7-17 16:53 编辑

各位老师好，我之前参考sob老师帖子编译gromacsGPU加速版，在多个 40系列显卡上无问题可以正常运行，最近在5070TI显卡上同样方法编译gromacs2024.3,却出现问题，显卡驱动570 ，cuda 12.8，编译后GPU support 那一项也显示CUDA支持，前面模拟也正常到最后一步调用GPU加速出现有关cuda的错误，具体在图片，请各位老师指教
2025年4月7日14:26:12更新加上 -nb gpu还是报错
2025年4月8日10:39:40 更新 -update gpu 只加还是报错
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2025年7月17日10:46:27更新
已解决问题以下是我的方法，大家可以参考，有问题欢迎大家指出
其中安装脚本部分在这个帖子基础上修改
一键安装Gromacs-GPU 2024.3脚本 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社
系统：Ubuntu22.04
显卡：5070TI 5080 5090测试无问题估计50系也没多大问题
显卡驱动：570
cuda：12.8
gcc:11
cmake:3.31.8(由于下载速度比较慢，我预先下载了安装包，大家百度云下载，放在~/soft目录，注意给读写执行权限)
注意涉及到/home/zep/用户目录的注意吧zep换成自己的用户名字！！！

脚本附件下载

通过网盘分享的文件：cmake-3.31.8.tar.gz
链接: https://pan.baidu.com/s/1TyOyHiEeNPTc6VVey2y-Ng?pwd=cj2s 提取码: cj2s
--来自百度网盘超级会员v6的分享
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Stardust0831 · 发表于 Post on 2025-4-7 13:09:39

请先确认当前报错的原因是GPU本身还是因为mdp的设定。
从报错的字面意思来看，gmx的意思是当前情况Nonbonded interactions 也必须在 GPU上算。

JinxrDK · 发表于 Post on 2025-4-7 14:15:06

gmx mdrun 加上 -nb gpu

zep · 发表于 Post on 2025-4-7 14:26:01

JinxrDK 发表于 2025-4-7 14:15
gmx mdrun 加上 -nb gpu

加上还是这个问题已在原贴贴图

zep · 发表于 Post on 2025-4-7 14:28:10

本帖最后由 zep 于 2025-4-7 14:31 编辑

Stardust0831 发表于 2025-4-7 13:09
请先确认当前报错的原因是GPU本身还是因为mdp的设定。
从报错的字面意思来看，gmx的意思是当前情况Nonbond ...

md.mdp文件一直用的sob老师的，之前在40系显卡上运行也一直是这样子的，都可以正常运行，除了更换显卡，编译方式运行指令文件等全部一样子，怀疑是显卡架构不支持，我也不是非常懂这一块，希望各位老师指点

student0618 · 发表于 Post on 2025-4-7 15:43:19

换gmx 2024较新版本试试？

zep · 发表于 Post on 2025-4-7 18:35:14

本帖最后由 zep 于 2025-4-8 08:55 编辑

student0618 发表于 2025-4-7 15:43
换gmx 2024较新版本试试？

之前我也试过2025.1也是不行，50系显卡1月才发布，是不是得等下个版本，出来才适配架构，有没有遇到相同问题的小伙伴

13277552957 · 发表于 Post on 2025-4-7 20:48:13

zep 发表于 2025-4-7 18:35
之前我也试过2025.3也是不行，50系显卡1月才发布，是不是得等下个版本，出来才适配架构，有没有遇到相同 ...

官网不是才发布2025.1吗，你这个2025.3是哪里来的。不过2025.1确实在5090报错，4090正常运行。

zep · 发表于 Post on 2025-4-8 08:55:13

13277552957 发表于 2025-4-7 20:48
官网不是才发布2025.1吗，你这个2025.3是哪里来的。不过2025.1确实在5090报错，4090正常运行。

抱歉打错了2025.1 3月发布的

Acee · 发表于 Post on 2025-4-8 09:28:03

只加 -update gpu

zep · 发表于 Post on 2025-4-8 10:40:54

Acee 发表于 2025-4-8 09:28
只加 -update gpu

已尝试还是报错，原贴已更新，猜测是还不支持50系架构

SpectrumZGH · 发表于 Post on 2025-4-24 23:13:27

我也不是专业人员，也是5070ti，小小做了些了解
问题主要是1.当前版本GROMACS内核限制，NBNxM内核未适配新一代GPU线程束
2.编译时指定的SM架构与硬件实际架构不兼容，从网上了解到这一条是主要原因

biogon · 发表于 Post on 2025-4-25 11:12:55

cuda的问题，等更新了

zep · 发表于 Post on 2025-5-16 11:35:19

SpectrumZGH 发表于 2025-4-24 23:13
我也不是专业人员，也是5070ti，小小做了些了解
问题主要是1.当前版本GROMACS内核限制，NBNxM内核未适配新 ...

多谢解答

zep · 发表于 Post on 2025-5-16 11:35:27

biogon 发表于 2025-4-25 11:12
cuda的问题，等更新了

感谢

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