平衡相npt模拟，密度一直上升，是否应放弃用其做平衡标准，对后续产生相是否影响？

jxin

老师好，我想要模拟有机小分子和重复单元为136的聚乙二醇6000，经过升温，保温，降温得到固体分散体的过程。

目前我的步骤是：

1.获得单分子mol2，pdb文件，利用sobtop等获得top，itp文件。

2.将单个聚乙二醇在真空条件下200ps，常温动力学模拟。（整个链蜷曲在一起）

3.利用packmol构建有20个聚乙二醇和3个小分子的初始结构。边长8nm。

4.进行共轭梯度法的能量极小化，收敛容差设置10。

5.做平衡相npt模拟2ns，npt.mdp

6.产生相npt模拟4.1ns。anneal.mdp

我想请教的问题：

1.平衡相npt模拟后的密度持续增加，难以达到稳定，试图增加模拟时间，但这样做对于后面的产生相，可能对后面产生相的模拟造成影响。观察平衡后的结构，发现可能是因为结构呈现椭圆形，盒子不好收缩。所以去用rmsd来判定达到平衡，我不确定这样是否合适。

2.查阅参考文献对于固体分散体的形成，有课题组早期的研究利用amber进行能量最小化后直接进行产生相模拟。后来2024年利用gromacs能量最小化后先对聚合物进行真空模拟，再插入到初始体系中，先进行平衡相npt模拟，后进行了有140ns的产生相模拟。对于这个步骤操作，由于我认为我的平衡相有问题，所以想知道是否应该舍去平衡相模拟。

3.由于重复单元数较多，计算耗时，所以用少数重复单元进行替代，这样是否合适。
4.有一个想法就是分别模拟聚合物和有机小分子各自的体系，经过平衡，然后再将两者结合，进行平衡相以及产生相的模拟。
恳请老师批评指证

Seyilaxa

周围有这么大的真空区，在npt系综下盒子体积肯定是不断缩小，体现出来就是密度不断增大，不一定说明有问题

jxin

Seyilaxa 发表于 2025-4-6 15:36
周围有这么大的真空区，在npt系综下盒子体积肯定是不断缩小，体现出来就是密度不断增大，不一定说明有问题

感谢指导

student0618

这麽大、柔性又高的分子才2ns npt未足够平衡吧。

jxin

student0618 发表于 2025-4-6 17:32
这麽大、柔性又高的分子才2ns npt未足够平衡吧。

十分感谢，因为之前只做了200ps，密度上升，后来加时间做了2ns的，密度实现了平衡，再做了一次小分子不同个数的，就又达不到效果了。