如何正确构建用于MD模拟的蛋白质二聚体

Kiteliberator

请问通过pymol直接将两个相同的蛋白质按照一定位置距离放置，是否属于一个二聚体，这样的二聚体结构合理吗。

student0618

有晶体结构的话先找晶体结构，没有的话先试试Alphafold 3/需要商业用途试AlphaFold 2 multimer。

18217265596

首先 你的蛋白得能够二聚
其次 有xray/nmr/em 就用
没有的话先结构预测看看

如果上面两者都没有 也没有文献报道二聚化结构域

那你怎么知道你的蛋白能二聚？？

Kiteliberator

18217265596 发表于 2025-4-3 17:01
首先 你的蛋白得能够二聚
其次 有xray/nmr/em 就用
没有的话先结构预测看看

您好，我的Aβ蛋白是可以二聚的，但是没有相应二聚体的xray/nmr结构，文献中研究二聚体时都没有提及怎么得到的二聚体，只是把用单体构建好的二聚体拿来分子模拟了（没有详细步骤以及用到了何种软件）。我对于结构预测这方面不懂，这个预测好的结构可以直接用来分子模拟吗？

student0618

Kiteliberator 发表于 2025-4-4 18:41
您好，我的Aβ蛋白是可以二聚的，但是没有相应二聚体的xray/nmr结构，文献中研究二聚体时都没有提及怎么 ...

A-beta多少？ 这种过分热门的很多有实验结构的，如果pdb只给了一条链找找symmetric unit。

很多可视化软件打开Xray structure后开Symmetry找symmetric unit就可以见到旁边的unit Cell，部分是和一开始显示的unit有interaction的。如实验组惯用的pymol A->generate->symmetry mates 会按pdb的unit cell资讯给出特定距离的unit cell，常用于检查crystal packing是否导致artificially stabilizing certain structures。但也可用来看多聚体。

18217265596

Kiteliberator 发表于 2025-4-4 18:41
您好，我的Aβ蛋白是可以二聚的，但是没有相应二聚体的xray/nmr结构，文献中研究二聚体时都没有提及怎么 ...

先用af3预测看看 不懂问我

Kiteliberator

student0618 发表于 2025-4-5 11:40
A-beta多少？ 这种过分热门的很多有实验结构的，如果pdb只给了一条链找找symmetric unit。

很多可视化 ...

Aβ42。学习了您的方法，我观察到了晶体结构，但是学生不解Symmetry Mates观察完整的分子packing和Aβ42二聚体构建有什么关系？

Kiteliberator

18217265596 发表于 2025-4-5 18:27
先用af3预测看看 不懂问我

好的老师，我先系统学习一下AlphaFold

student0618

Kiteliberator 发表于 2025-4-5 19:08
Aβ42。学习了您的方法，我观察到了晶体结构，但是学生不解Symmetry Mates观察完整的分子packing和Aβ42 ...

symmetry 直接给出旁边的unit cell喔，有的多聚体会只给一个asymmetric unit用家按symmetry得到其他unit cell的。

我在先前的帖补充了些。

Kiteliberator

18217265596 发表于 2025-4-5 18:27
先用af3预测看看 不懂问我

我的预测结果ipTM和pTM很低，预测了好多次最高也只达到了0.54，结果很不理想

18217265596

Kiteliberator 发表于 2025-4-10 16:50
我的预测结果ipTM和pTM很低，预测了好多次最高也只达到了0.54，结果很不理想

那没救了 你这个二聚体是没法拿到好模型的