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[GROMACS] 如何实现多肽与蛋白的动力学模拟?

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我想对一个多肽KTNDNA和蛋白质进行100 ns的动力学模拟。目前我有三个想法,但是都存在不清楚的点,可以麻烦老师帮我看看哪个思路是正确的?遇到的问题又该如何解决呢?
1.利用多肽的SMILES生成多肽的gro和itp文件,将肽的gro文件粘贴到蛋白后面。但是存在一个问题就是如何生成多肽的gro文件?
2.利用MOE对接多肽与蛋白,然后将对接结果导入到GROMACS中进行模拟。但是存在一个问题是对接后的结构GROMACS不能识别?
3.利用pymol将蛋白与多肽共同拽到一起,导出复合物的pdb文件,导入到gromacs中,这种方式gromacs是识别的,但是不知道这样跑是否正确?

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发表于 Post on 2025-4-1 01:08:41 | 只看该作者 Only view this author
模拟多肽和模拟普通蛋白质在流程上没有丝毫区别,蛋白质本来就是多肽,只不过聚合度很高罢了

如果你已经有多肽的序列而没有结构文件,按下文创建
几种基于氨基酸序列构建很简单蛋白质三维结构的工具
http://sobereva.com/687http://bbs.keinsci.com/thread-40331-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-1 09:06:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-1 01:08
模拟多肽和模拟普通蛋白质在流程上没有丝毫区别,蛋白质本来就是多肽,只不过聚合度很高罢了

如果你已经 ...

想再请教一下sob老师,如何解决分子GROMACS的pdb2gmx识别不到分子对接后的配体肽的UNL问题呀?要把 UNL换成什么才可以被识别呢?

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发表于 Post on 2025-4-1 11:22:41 | 只看该作者 Only view this author
2和3都可以,不过更简单是用alphafold3直接生成复合物去跑动力学(假如af3预测出的结构可靠)
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发表于 Post on 2025-4-1 21:33:28 | 只看该作者 Only view this author
刘梦琪 发表于 2025-4-1 09:06
想再请教一下sob老师,如何解决分子GROMACS的pdb2gmx识别不到分子对接后的配体肽的UNL问题呀?要把 UNL换 ...

先搞清楚pdb2gmx的运行原理、什么叫rtp文件。有了这样的常识自然就知道怎么回事了
http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20也专门提了一句
蛋白质(包括普通的小肽)、核酸:这些生物分子应当用pdb2gmx产生专门的力场的拓扑文件。因为pdb2gmx会恰当加氢、对末端残基进行特殊考虑、对力场支持的残基指认专门定义的原子电荷,明显处理得更为周到(但不少没常识的初学者乱用pdb2gmx也是个常见问题,甚至居然以为什么拓扑文件都能靠pdb2gmx产生。始终记得pdb2gmx能产生拓扑文件的体系仅仅限于体系中的残基都是在力场目录下的rtp文件里定义过的情况)。


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发表于 Post on 2025-4-2 14:36:17 | 只看该作者 Only view this author
刘梦琪 发表于 2025-4-1 09:06
想再请教一下sob老师,如何解决分子GROMACS的pdb2gmx识别不到分子对接后的配体肽的UNL问题呀?要把 UNL换 ...

用pdb2gmx生成力场的时候将蛋白质和多肽的力场分开生成

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