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[GROMACS] 求助做乳球蛋白和小分子的分子动力学模拟,审稿人问模拟过程中是如何优化的力场参数

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楼主
想请教一下各位老师,我再做乳球蛋白和小分子的分子动力学模拟的过程中,小分子用ATB网站生成的拓扑文件,在模拟过程中直接gmx pdb2gmx -f 1OHW.pdb -o 1OHW_processed.gro -water spc选择力场15.审稿人问我在模拟过程中是如何优化的力场参数,想问一下各位老师,力场不能直接选择默认的吗?我该如何优化呀?目前没有头绪

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发表于 Post on 2025-3-12 22:49:19 | 只看该作者 Only view this author
所以你力场参数是gaff来的还是怎么来的

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发表于 Post on 2025-3-13 07:34:36 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “分子动力学模拟力场参数优化” 改了,以后务必注意!下次将删帖+扣分处理。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2025-3-13 07:36:17 | 只看该作者 Only view this author
别说什么“选择力场15”,直接说选了什么力场,否则别人哪知道是什么力场,本来屏幕上显示的序号就和gromacs版本有关
力场哪有什么“默认”,用什么完全是你自己决定的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-13 16:36:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-13 07:34
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的sob老师,我下次会注意的

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