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[GROMACS] LiPF6电解液模拟mdrun报错:Software inconsistency error: Inconsistent DD bound...

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各位老师好:
我在用Gromacs模拟LiPF6+CCOC+CCOCC电解液时报错如下:

能量最小化未报错,用能量最小化的结果em.gro文件得到的分子动力学输入文件eq.tpr
Li+与PF6-的拓扑文件由文献数据得到,其他拓扑文件是用Multiwfn-RESP2调用Gaussian+Sobtop得到,并做了手动修改,盒子是用packmol建立的
另外 如果有其他地方不合理 非常感谢老师能提出来

202503112211169893..png (70.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

报错、命令及版本信息

报错、命令及版本信息

CCOC.itp

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CCOC.top

334 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3

CCOCC.itp

9.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

em.gro

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em.mdp

390 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1

能量最小化

eq.mdp

4.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

分子动力学

Li.itp

136 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 5

mix.gro

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PF6.itp

1.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 5

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发表于 Post on 2025-3-12 04:18:44 | 只看该作者 Only view this author
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-13 14:23:05 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师,我已经可以简单的运行了
现在有个问题是能量最小化会让我的PF6-离子构型从八面体变形,请问这是正常的吗?我可以用这个构型跑NVT和NPT了吗?我是把阴阳离子分开计算电荷再汇总到一个itp文件里的

202503131422467840..png (46.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

初始构型

初始构型

202503131423282598..png (53.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

em后的构型

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发表于 Post on 2025-3-14 03:50:21 | 只看该作者 Only view this author
aipacino 发表于 2025-3-13 14:23
谢谢老师,我已经可以简单的运行了
现在有个问题是能量最小化会让我的PF6-离子构型从八面体变形,请问这 ...

明显不正常,拓扑文件不合理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2025-3-14 09:43:29 | 只看该作者 Only view this author
善用论坛搜索功能可以找到有关PF6-离子拓扑文件的帖子
http://bbs.keinsci.com/thread-28385-1-1.html
√546=23.36664289109

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-14 19:07:38 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-3-14 09:43
善用论坛搜索功能可以找到有关PF6-离子拓扑文件的帖子
http://bbs.keinsci.com/thread-28385-1-1.html

老师你好
我的阴离子拓扑文件就是按照sobtop生成的,我看了一下和sob老师在这个贴子里给的示例也很相近,这个帖子的楼主说用“itp文件和力场文件没弄对,将多余的angle项删除”,请问是删力场文件里面的吗
我的主top文件里引用了这个力场:
#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"  
我也没有在这里面(包括这个力场文件引用的)找到关于F-P-F的angle定义,不知是如何多余的

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