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[综合交流] Gaussian在做分子动力学模拟时,怎么得到两个原子键长之间的距离与时间的关系?

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各位大佬,Gaussian在做分子动力学模拟时,怎么做才能得到两个原子键长之间的距离与时间的关系呢?要是不能的话,有什么简单的容易上手的软件推荐吗

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发表于 Post on 2025-3-11 17:45:57 | 只看该作者 Only view this author
猜你想看:http://bbs.keinsci.com/thread-986-1-1.html
另外,我不清楚你这个分子动力学模拟指的是哪种。如果用的是分子力场,那应该用Gromacs做。

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3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-11 18:46:13 | 只看该作者 Only view this author
wbqdssl 发表于 2025-3-11 17:45
猜你想看:http://bbs.keinsci.com/thread-986-1-1.html
另外,我不清楚你这个分子动力学模拟指的是哪种。 ...

谢谢你的回复,我只想做键长和时间的关系图,其他的不做

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发表于 Post on 2025-3-12 04:45:47 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “Gaussian做分子动力学模拟” 改了,以后务必注意!下次将删帖+扣分处理。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-3-12 04:48:28 | 只看该作者 Only view this author
GaussView直接就能显示,北京科音高级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KAQC)里深入全面讲AIMD模拟的时候给了例子


另外,按下文转成xyz轨迹文件载入到VMD里得到几何参数随时间变化曲线亦可
GauMD2xyz:将Gaussian的从头算动力学轨迹转换为xyz轨迹的程序
http://sobereva.com/126
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-12 12:11:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-12 04:48
GaussView直接就能显示,北京科音高级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KAQC)里深入全面讲AIMD模拟 ...

好的sob老师,下次一定注意,谢谢老师的回复

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