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[GROMACS] 请问为什么不推荐控温控压,在进行受体蛋白-配体小分子分子动力学模拟时?

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本帖最后由 nitp7034 于 2025-3-8 18:17 编辑

最近自学了gromacs基本流程,并参考[GROMACS] 受体蛋白-配体小分子分子动力学模拟基本流程--根据第14届培训内容整理成功进行了分子动力学模拟。
然后又出现了几个问题:
1.几乎网上的所有gromacs蛋白-配体小分子分子动力学模拟教程都有控温控压的步骤(就比如:分子动力学模拟Gromacs一般使用步骤(空蛋白)  GROMACS Tutorial),但我在论坛查看、搜寻了许久后发现,似乎都不推荐使用这个方法,而是直接使用了‘限制性动力学→常规动力学’这流程,这是为什么?
2.什么情况下需要进行控温控压(NPT,NVT)?
3.有没有参考文献可以验证'限制性动力学→常规动力学'这流程的准确性?亦或是使用该方法的文献,论坛内的也可以。

还望各位老师不吝赐教,谢谢!

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发表于 Post on 2025-3-8 19:55:04 | 只看该作者 Only view this author
你的这个提问本身就是完全逻辑错误的,仔细看下文第20部分
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

常规的蛋白质体系模拟哪有不用控温控压的,随便找点典型的动力学研究文章看便知,诸如Biochemistry, 48, 7986–7995 (2009)

限制性动力学→常规动力学 是业界早有共识的标准流程,根本不需要在文章里解释。

特别要强调的是,网上乱七八糟的教程(尤其是非本论坛的中文的)里面有大量不合理、误人子弟的东西(很多教程作者自己对很多关键知识尚一知半解),而且还有很多教程内容是严重过时的(体现在gromacs版本、力场选择、热浴压浴方法等方面),我强烈不建议初学者随便效仿那些教程,像是你当前问的问题就是被那些教程带歪了所致,都完全没搞清楚NPT到底是什么意思。我非常建议通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)全面系统学学动力学模拟的各方面基础知识,以及怎么正确用GROMACS做各种问题的动力学模拟,就一次性全明白了,也不会踩坑和犯低级错误,并且会充分认识到你之前看的那些教程里都有哪些明显的错误或不合理/不理想的地方。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-9 17:35:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-8 19:55
你的这个提问本身就是完全逻辑错误的,仔细看下文第20部分
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://s ...

不好意思,我的说法有些错误。
论坛里的推荐方法里,限制性动力学→常规动力学里面就包含了控温控压过程。
我的提问是为什么不是分别进行NTP和NVP?如某教程所说的操作流程为:
  1. gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o nvt.tpr
复制代码

运行之后得到nvt.tpr文件,开始nvt
  1. gmx mdrun -deffnm nvt
复制代码
  1. gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -r nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr
复制代码

运行之后得到npt.tpr文件,开始npt
  1. gmx mdrun -deffnm npt
复制代码

依次运行命令
  1. gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_1.tpr
复制代码
  1. gmx mdrun -deffnm md_0_1 -v
复制代码

这样?

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发表于 Post on 2025-3-9 17:39:35 | 只看该作者 Only view this author
了解每步的目的就可知道分别进行nvt equilibration并无必要。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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发表于 Post on 2025-3-9 22:19:19 | 只看该作者 Only view this author
nitp7034 发表于 2025-3-9 17:35
不好意思,我的说法有些错误。
论坛里的推荐方法里,限制性动力学→常规动力学里面就包含了控温控压过程 ...

基本概念一塌糊涂,哪来的什么NVP。用控压时盒子尺寸显然要变化,变化了还怎么恒定盒子尺寸
并且那叫NPT不叫NTP
别看乱七八糟教程了,通过我提到的正确方式系统学一遍比什么都强
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发表于 Post on 2025-3-9 23:48:50 | 只看该作者 Only view this author
确实 先了解原理再问为什么
对于初学者来说 分开平衡是为了了解概念,但是真正为了省事做的时候可以直接一段预平衡模拟 然后直接跑成品MD即可,主要看你怎么设置预平衡参数能让他不偏离初始结构太远又可以平衡好温度和压力

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