想请教一下大佬们，非平衡动力学，gromacs的恒压驱替和恒速驱替怎么写mdp？

sssyyuan

NEMD，非平衡动力学，恒压驱替是指给碳板金板等一个恒外力吗？恒速驱替就是一个恒速度是吗？mdp文件怎么写呢？

sobereva

我不清楚驱替的含义，建议给出英文原词，如果就是外力挤压驱使某个部分移动的话，你说的做法可以，通过在gromacs里用pull设置能实现，写法取决于具体体系

sssyyuan

sobereva 发表于 2025-3-8 23:51
我不清楚驱替的含义，建议给出英文原词，如果就是外力挤压驱使某个部分移动的话，你说的做法可以，通过在gr ...

谢谢sob老师的回复，英文单词是flooding，就是通过给定一定的力或者速度，使得某一部分如（碳板、金板）移动，进而推动气相驱替液相。示意图如下，类似这种，给左边碳板一个固定压力，或者一个固定速度，使得碳板推动CO2，进而去驱替oil。可以请教一下sob老师mdp的模板吗？

cupb_co2

楼主可以分享一下这个文章嘛，我用lmp做这个的可以轻松实现最近在学gro，想看看这个文章

sssyyuan

cupb_co2 发表于 2025-3-10 14:51
楼主可以分享一下这个文章嘛，我用lmp做这个的可以轻松实现最近在学gro，想看看这个文章

https://www.sciencedirect.com/sc ... 03?via%3Dihub#f0005

Mechanism of enhanced oil recovery via carbon dioxide flooding in kerogen nanopores: A molecular dynamics approach

sobereva

sssyyuan 发表于 2025-3-10 14:35
谢谢sob老师的回复，英文单词是flooding，就是通过给定一定的力或者速度，使得某一部分如（碳板、金板） ...

常外力参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的幻灯片：


培训里的“金属的模拟”部分有pull用法的完整讲解和丰富的例子，包括实现常速度

sssyyuan

sobereva 发表于 2025-3-10 22:51
常外力参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的幻灯片：

好的，谢谢sob老师，老师我还想问一下，最近跑的一个SiO2，gro文件老是会出现部分SiO2滑移，但是在轨迹文件是正常的，我想先用nvt对部分液体控温一下与SiO2先进行接触，然后用反应后的gro文件在packmol里面进行re packmol 后，在进行动力学模拟，但是会一直报错，不知道是不是因为SiO2滑移的问题。而在第一次控温模拟的时候不会出现这样的报错。