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[综合交流] packmol的inp文件如何编写才能达到令分子堆积形状为两个同心球之间的形状

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请问一下各位老师,在packmol程序中,如何编写inp文件,才可以令分子堆积形状为两个同心球(一大一小球)之间的形状。

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发表于 Post on 2025-3-7 20:21:27 | 只看该作者 Only view this author
可以参考这个,这样里面是B.pdb组成的小球,外面被A.pdb包裹
  1. tolerance 2.0
  2. filetype pdb
  3. output test.pdb
  4. structure A.pdb
  5.   number 500
  6.   outside sphere 0. 0. 0. 5.
  7.   inside sphere 0. 0. 0. 10.
  8. end structure
  9. structure B.pdb
  10.   number 500
  11.   inside sphere 0. 0. 0. 5.
  12. end structure
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发表于 Post on 2025-3-8 23:55:18 | 只看该作者 Only view this author
下文的例子看了举一反三自然就会了
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-9 20:18:50 | 只看该作者 Only view this author
Stardust0831 发表于 2025-3-7 20:21
可以参考这个,这样里面是B.pdb组成的小球,外面被A.pdb包裹

好的,谢谢您

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Stardust0831 + 1 赞!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-9 20:19:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-8 23:55
下文的例子看了举一反三自然就会了
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473( ...

好的,我认真学习一下,sob老师

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