利用charmm-gui建膜蛋白结构，结果有残基飘散到磷脂边缘了怎么办

NEW12138 · 发表于 Post on 2025-3-7 09:48:30

如题：利用charmm-gui建膜蛋白结构，结果有残基飘散到磷脂边缘了怎么办

wake19 · 发表于 Post on 2025-3-7 15:24:39

要不要试试优化膜系统参数，比如调整膜的横向尺寸

NEW12138 · 发表于 Post on 2025-3-7 16:16:38

wake19 发表于 2025-3-7 15:24
要不要试试优化膜系统参数，比如调整膜的横向尺寸

谢谢，好像是系统的bug，我重新导入pdb文件之后生成的膜没有这个问题了

NEW12138 · 发表于 Post on 2025-3-7 16:19:14

wake19 发表于 2025-3-7 15:24
要不要试试优化膜系统参数，比如调整膜的横向尺寸

还有可能是charmm-gui的周期性呈现？我发现网上有其他的人也有这样的情况

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[蛋白质建模] 利用charmm-gui建膜蛋白结构，结果有残基飘散到磷脂边缘了怎么办