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[GROMACS] 一个MOF结构运行一开始崩溃出现非键作用warinng提示如何解决

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一个MOF结构,含有Co,N,C,H,O元素,已用cp2k先进行了结构优化,使用sobtop参考MOF-5的方式生成了GROMACS的输入文件,运行一开始就崩溃,出现了如下warning,尝试了很多办法包括计算hessians生产力常数也无法运行。本人小白,虚心求教!

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发表于 Post on 2025-2-23 19:56:56 | 只看该作者 Only view this author
盒子太小,拿这么小结构做MD根本没意义
必须先扩胞。而且非键作用截断在那么短距离太荒唐了,periodic-molecules也没设yes。并且确保跨盒子的键对应的bond项都出现了

更多信息看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-24 12:35:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-2-23 19:56
盒子太小,拿这么小结构做MD根本没意义
必须先扩胞。而且非键作用截断在那么短距离太荒唐了,periodic-mol ...

非常感谢sob老师的回复,按照您的建议进行了尝试,完美的解决了出现的问题,根据hessian补充缺失参数时,更进一步体会到sobtop的灵活好用。

有几个问题想请教您:
1 盒子大小一般多少合适,是根据研究目的决定还是gromacs的某些参数决定了盒子不能太小。如何我想要观察晶体结构吸附分子的行为,边长2 nm盒子是否够用
2 非键作用截断rlist, rcolomb, rvdw一般设置多少比较合适,我看设置范围有出现从0.5-1.5不等,设置依据是什么
3 我想研究如下图所示分子穿过晶体前后过程中,晶体结构的变化情况,用gromacs能否指定小分子的运动路径,实现下图所示的效果

谢谢!

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发表于 Post on 2025-2-24 12:59:26 | 只看该作者 Only view this author
Wu_Peng 发表于 2025-2-24 12:35
非常感谢sob老师的回复,按照您的建议进行了尝试,完美的解决了出现的问题,根据hessian补充缺失参数时, ...

不好一概而论。这类研究的文章多得很,参考近些年的类似情况研究的文章用的模型

一般情况设1.0 nm,原理上和用的力场原文里的设置一致最好

可以做拉伸动力学(用pull设置)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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