钠电池电解液筛选溶剂化结构的VMD使用疑惑及脚本使用

Old_Six · 发表于 Post on 2025-2-21 15:33:22

本帖最后由 Old_Six 于 2025-2-21 16:43 编辑

各位大佬好，我目前的任务是筛选出电解液溶剂化结构当中的AGG,CIP,SSIP的比例。于是将得到的轨迹文件PDB和trj.xyz导入到VMD当中，之后想要使用TCL脚本对其进行分析溶剂化结构，但是遇到几个问题.

问题1：脚本使用后得到的TXT文件没有内容是空白，猜测是其中选择不同分子的作用位点的表达方式不对还是其他问题？如果是表达方式不对如何进行表达，以及脚本如何修改？

问题2：如何在VMD中选中所有的钠离子，所有的P in PF6-, 以及溶剂中的羰基氧？

我将使用到的PDB文件放在了下面，以及脚本如下

set outfile [open Na_Log.txt w]
set frames [molinfo top get numframes]
set atomsNa [atomselect top "name Na"]
set ids [$atomsNa get resid]
set length [llength $ids]
$atomsNa delete
for { set frame 1 } { $frame < $frames } { incr frame} {
for { set id 0 } { $id < $length } {incr id} {
set atoms [atomselect top "
resid [lindex $ids $id] or
same fragment as {
(resname EC EMC DMC and name O1 O2) or
(resname TFB and name O3 O4) or
(resname PF6 and name P)
and within 3.0 of resid [lindex $ids $id]
}" frame $frame]
puts $outfile [$atoms get resname]
puts $outfile [$atoms get resid]
$atoms delete
$atoms delete
$filtered_atoms delete
}
}
close $outfile

复制代码

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-2-21 16:00:41

本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-2-21 16:27 编辑

此示例单帧.pdb文件是从M$里导出的么，有两个明显问题：第三列原子名有很多重复且不存在形如O1 O2 O3 O4的，导致所有用name确定的选区全空；第四列残基名全是MOL，导致所有用resname确定的选区也全空。如果是GROMACS跑的轨迹，直接用VMD查看处理即可，别用M$。

编辑：set na_pos [lindex [$na get {x y z}] 0]和[vecdist $na_pos [lindex [$atoms_PF6_P get {x y z}] 0]]也莫名其妙，本来get {x y z}获得的三维坐标应该都用于距离计算，结果套一层lindex ... 0就只剩下x坐标。

编辑2：animate goto $frame更新的是屏幕上绘制的帧不是动态选区对应的帧，对于名叫$sel的选区应采用$sel frame $frame和$sel update更新。这个脚本不太靠谱，我有点怀疑来源。

Old_Six · 发表于 Post on 2025-2-21 16:26:26

本帖最后由 Old_Six 于 2025-2-21 16:30 编辑

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-2-21 16:00
此示例单帧.pdb文件是从M$里导出的么，有两个明显问题：第三列原子名有很多重复且不存在形如O1 O2 O3 O4的 ...

感谢大佬的回复！是的大佬，分子动力学是从M$中跑出来导出.pdb的，我也感觉导出的.pdb非常奇怪，想问问这种情况怎么办呀，对于代码的问题我修改了一下

set outfile [open Na_Log.txt w]
set frames [molinfo top get numframes]
set atomsNa [atomselect top "name Na"]
set ids [$atomsNa get resid]
set length [llength $ids]
$atomsNa delete
for { set frame 1 } { $frame < $frames } { incr frame} {
for { set id 0 } { $id < $length } {incr id} {
set atoms [atomselect top "
resid [lindex $ids $id] or
same fragment as {
(resname EC EMC DMC and name O1 O2) or
(resname TFB and name O3 O4) or
(resname PF6 and name P)
and within 3.0 of resid [lindex $ids $id]
}" frame $frame]
puts $outfile [$atoms get resname]
puts $outfile [$atoms get resid]
$atoms delete
$atoms delete
$filtered_atoms delete
}
}
close $outfile

复制代码

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-2-21 17:15:23

本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-2-21 17:20 编辑

Old_Six 发表于 2025-2-21 16:26
感谢大佬的回复！是的大佬，分子动力学是从M$中跑出来导出.pdb的，我也感觉导出的.pdb非常奇怪，想问问这 ...

我不用M$，没法就导出原子名和残基名信息正确的轨迹文件给VMD分析提供帮助，本来这种体系的分子动力学还有更好的软件选择。

选择语句应当放在帧的循环外边定义，每次循环更新即可，省得反复定义再删除。

set outfile [open Na_PF6_Log.txt w]
set frames [molinfo top get numframes]
set atomsNa [atomselect top "name Na"]
set ids [$atomsNa get resid]
$atomsNa delete
foreach na_resid $ids {
set sel [atomselect top "same fragment as (pbwithin 3.0 of resid $na_resid and ((resname EC EMC DMC and name O1 O2) or (resname TFB and name O3 O4) or (resname PF6 and name P)))"]
for { set frame 0 } { $frame < $frames } { incr frame } {
$sel frame $frame ; $sel update
set resids [$sel get resid]
puts $outfile "Frame $frame for Na $na_resid: $resids"
}
}
close $outfile
$sel delete

复制代码

Old_Six · 发表于 Post on 2025-2-21 17:45:07

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-2-21 17:15
我不用M$，没法就导出原子名和残基名信息正确的轨迹文件给VMD分析提供帮助，本来这种体系的分子动力学还 ...

感谢大佬的帮助，那我再学着用Gromacs跑一次，谢谢！！

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