gmx_MMPBSA bug，FINAL_DECOMP_MMPBSA.csv与FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv的VDW和EEL不...

computationalbx

我发现了gmx_MMPBSA中能量分解的一个潜在问题。当计算VDW和EEL能量时，FINAL_DECOMP_MMPBSA.csv和FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv这两项结果不一致:

对于整体，VDW = 2A，EEL = B

对于成对分解方法，VDW = 2A，EEL = 2B。

这种差异表明在成对分解方法中可能存在重复计算或计算错误。这可能是一个bug吗，或者对这些差异有什么解释吗？任何见解或建议将不胜感激。

以下分别是程序的FINAL_DECOMP_MMPBSA.csv和FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv中的内容

For FINAL_DECOMP_MMPBSA.csv
DELTAS:                                                               
Total Decomposition Contribution (TDC)                                                               
Frame #        Resid 1        Resid 2        Internal        van der Waals        Electrostatic        Polar Solvation        Non-Polar Solv.        TOTAL
2500        R:A:ARG:68        R:A:ARG:68        0        0         0        1.48        0        1.48
2500        R:A:ARG:68        L:C:TYR:8        0        -0.63        -7.22        1.78        0        -6.07
2500        L:C:TYR:8        R:A:ARG:68        0        -0.63        -7.22        1.78        0        -6.07
2500        L:C:TYR:8        L:C:TYR:8        0        0        0        1.07        0        1.07
2501        R:A:ARG:68        R:A:ARG:68        0        0        0        1.29        0        1.29
2501        R:A:ARG:68        L:C:TYR:8        0        -0.96        -6.3        1.89        0        -5.37
2501        L:C:TYR:8        R:A:ARG:68        0        -0.96        -6.3        1.89        0        -5.37
2501        L:C:TYR:8        L:C:TYR:8        0        0        0        0.94        0        0.94
2502        R:A:ARG:68        R:A:ARG:68        0        0        0        1.47        0        1.47
2502        R:A:ARG:68        L:C:TYR:8        0        -0.7        -6.72        1.79        0        -5.63
2502        L:C:TYR:8        R:A:ARG:68        0        -0.7        -6.72        1.79        0        -5.63
2502        L:C:TYR:8        L:C:TYR:8        0        0        0        0.91        0        0.91

For FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv
Delta Energy Terms                                                                                                        
Frame #        BOND        ANGLE        DIHED        VDWAALS        EEL        1-4 VDW        1-4 EEL        EPB        ENPOLAR        EDISPER        GGAS        GSOLV        TOTAL
2500        0        0        0        -1.26        -7.22        0        0        37.74        -0.57        0        -8.48        37.17        28.69
2501        0        0        0        -1.92        -6.3        0        0        37.9        -0.51        0        -8.22        37.39        29.17
2502        0        0        0        -1.39        -6.72        0        0        37.72        -0.55        0        -8.11        37.17        29.06

我这里只罗列2500-2502帧来展示，详情可见附件
我的配体受体都只有一个氨基酸来作为测算（实际在我的其他计算中也是存在这个疑问），成对分解的加和即为整体的能量，这应该保持一致
如果只看第2500帧，vdw :-0.63-0.63=-1.26这是一致的，但是到EEL，却-7.22-7.22=-14.44只有下面的一半

这都是一条命令得到的能量文件，但是能量项却不对应，这让人感到困惑

computationalbx

不好意思，发布错了，内容还不完全，我看看怎么删除

sobereva

computationalbx 发表于 2025-2-19 10:06
不好意思，发布错了，内容还不完全，我看看怎么删除

重新编辑原贴

computationalbx

sobereva 发表于 2025-2-19 10:17
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已经重新编辑发布了