|
本帖最后由 Lionzaka 于 2025-1-7 15:00 编辑
之前看了一篇聚电解质溶液驱动力的文章,里面提供了PMF总量、以及其能量和熵的分量。
文章中提到用了abf方法计算Pmf。这部分通过看colvars包的用户指南了解了一点,可以直接通过Lammps-colvars直接得到Pmf。但是能量和熵的分量不知道如何得出,文章中也没有详细提到。
求问各位大神,像下图这个文章中的折线图,蓝色线是可以直接生成的,红色的和橙色的怎么得到呢?
横坐标是两条聚电解质链(一条聚阴离子、一条聚阳离子)之间的距离。
就像我们平衡后这两条链肯定是结合在一起,所以质心距离很小,如果直接用compute命令计算链之间的势能,必然是只能计算小质心距离下的能量。所以我猜测一定是通过colvars-abf去计算的分量,不添加偏置力应该是无法有这么大的横坐标范围的。
以下是5-10窗口的colvars配置文件:
colvarsTrajFrequency 1000
colvar {
name r
distance {
group1 {atomNumbersRange 1-60}
group2 {atomNumbersRange 61-120}
}
lowerBoundary 5.0
upperBoundary 10.0
hardLowerBoundary on
hardUpperBoundary on
width 0.5
}
abf {
name abf_r
colvars r
fullSamples 100000
outputFreq 100000
outputEnergy on
historyFreq 1000000
}
harmonicWalls {
name wall_r
colvars r
lowerWalls 5.0
upperWalls 10.00
lowerWallConstant 10.0
upperWallConstant 10.0
}
这个是in文件中的相关命令
fix meta all colvars abf.input
球球各位大神帮忙看看,感激不尽!
|
|