计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 438|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 想要维持团簇结构运动过程可以形变,但是不跑散

[复制链接 Copy URL]

17

帖子

0

威望

71

eV
积分
88

Level 2 能力者

请问各位老师同学,我是想研究氮气团簇在基底的吸附,基底为石墨表面加含氧基团,水分子充满剩余部分,其中itp文件是用sobtop生成的,如下图所示。
原本想的在模拟过程中气体团簇可以形变还是不要跑散,达到参考文献的效果(如左图所示),但是我现在运行结果是跑散了(如右图所示)。
   
请问各位老师同学,这个情况我应该怎么处理,或者我应该添加什么条件,才能达到我想要的效果呀(就如同上图左参考文献的效果)?感谢各位老师同学答疑。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120134

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-11-20 11:21:55 | 只看该作者 Only view this author
仔细看原文的计算细节,弄清楚文中用的什么力场
诸如N2都有专门的参数可用,如TraPPE-small力场,不适合sobtop等通用的拓扑文件产生工具生成
并且仔细看原文(包括SI)了解具体模拟细节,如温度、压力、是否有限制势等等
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

3

帖子

0

威望

249

eV
积分
252

Level 3 能力者

3#
发表于 Post on 2025-3-20 21:40:14 | 只看该作者 Only view this author
您气泡跑散的问题解决了吗

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 05:24 , Processed in 0.150704 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list