多肽的动力学模拟RMSD变化过大

student0618 · 发表于 Post on 2024-9-29 09:48:10

人生若只如初见发表于 2024-9-29 08:24
老师，请问NMAMD的轨迹用AMBER分析。具体该怎么操作呢，还有就是amber分析需要的top文件是什么来呢

cpptraj可直接读psf和dcd

xinlanyh · 发表于 Post on 2024-9-30 05:28:24

RMSD看着算是在正常波动范围。另外你的盒子是真空的吗？

人生若只如初见 · 发表于 Post on 2024-10-1 21:11:26

不是的老师加了水的在水环境下的这里是把水给去了

人生若只如初见 · 发表于 Post on 2024-10-1 21:12:04

student0618 发表于 2024-9-29 09:48
cpptraj可直接读psf和dcd

好的好的谢谢老师

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[NAMD] 多肽的动力学模拟RMSD变化过大