（已解决）关于gromacs计算小分子的溶剂化自由能的一个小问题

Lance先生

各位大佬好，我在用gromacs跑甲烷的溶剂化自由能时，发现了一个问题，就是我跑出来的甲烷的溶剂化自由能算出来是个负值，但是其实实验值是正值，别人教程也是负值，和我的一样，人家教程是这么解释的：对我们来说, 状态A是在水中完全相互作用的甲烷. 状态B将是一个甲烷, 它与水的所有范德华相互作用和库仑相互作用都被关闭。那我就不懂了，那是不是意味着用此方法算出来的分子的溶剂化自由能的值都得加一个负号，才能表示某小分子真正的溶剂化自由能数值？那这样的话，我之前计算乙醇的溶剂化自由能时，得到的数值是完全和实验值拟合的，不用加负号，而且用的也是官网的参数，那这一点我应该怎么理解？谢谢各位老师解答。

一只小白m

请问怎么跑一个小分子的溶剂化自由能呀，还请您分享一下链接给

Lance先生

一只小白m 发表于 2025-4-15 22:50
请问怎么跑一个小分子的溶剂化自由能呀，还请您分享一下链接给

我就照着gmx官网的例子整的，没啥特殊的什么链接。