遇到这样的能量最小化问题，应该如何解决？

Lym · 发表于 Post on 2024-7-3 17:21:04

本帖最后由 Lym 于 2024-7-3 17:22 编辑

当前，我将纳米颗粒通过VMD操作，将其移动到已经平衡好的磷脂膜中央，结构如下：

出现报错提示：

我已经按照报错说明，将nstlist由20增加到80，1. 请问我应该是继续增加nstlist呢？ 2. 还是说当前直接通过VMD将纳米颗粒挪到磷脂膜中央的操作不对呢？
还请各位老师指点！

低调的板凳 · 发表于 Post on 2024-7-3 17:40:16

你这没有删除干净有空间冲突的磷脂分子吧。。。

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-3 19:58:52

记得借助VMD的选择语句把距离纳米颗粒过近的分子在保存新的结构文件时都扣除掉，避免出现严重不合理的接触
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

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