Lammps做蛋白质与羟基自由基的Reaxff模拟求助

Riggs-蹊

各位老师，我在用lammps做蛋白质（包含30个左右的氨基酸残基）与羟基自由基的反应力场模拟，所选用的力场参数是来自做蛋白质反应模拟的文献，模拟可以正常进行并结束，但是有几个问题需要请教，先行感谢！

1、我之前曾用较大的蛋白质（约300个氨基酸）与羟基自由基进行反应力场模拟，但是模拟一开始总会出现hbond failed的错误（查询过各种办法仍未解决），后来从该蛋白质中截取30个氨基酸进行模拟便可正常进行（采用同样的设置和参数），想请教这可能是什么原因？应该怎么办？

2、在in文件中分为三步，先对初始模型进行能量最小化，随后进行310K条件下的弛豫，最后进行反应力场模拟。因此我想问在弛豫过程中应该采用什么力场或者说采用什么手段可以在弛豫的同时保证体系不发生化学反应？（目前在in文件中只采用反应力场，但在弛豫过程中提前发生反应）

3、在蛋白质的反应力场模拟时，其不同原子间的bond order的cutoff应该如何进行设置呢？（目前我对所有原子间的cutoff采用的都是默认值0.3）

4、如图1所示，在用30个氨基酸和10个羟基进行模拟之后，得到如图1所示的反应物种文件，但用文本打开显示含有无效字符，这是什么原因，是因为打开方式不对吗?或者应该用什么来分析呢？

5、有什么办法可以对反应物种进行分析吗？（ChemTrayzer好像没法分析蛋白质等大分子物质）

6、在用Ovito对模拟得到的轨迹文件进行分析时，在第二帧就发现如图2白色圆圈所示的原子团从蛋白质上脱离，但初始结构中加入的10个羟基自由基并没有发生反应。没有反应发生但是蛋白质上的原子团发生脱落，这种现象合理吗?应该怎么解释？不合理的话是模拟过程可能有问题吗？

希望各位老师拨冗时间帮忙解答一下，任何一个问题都可以，困惑很久了，万分感谢！