AMBER使用pmemd.cuda进行NPT平衡出现不合理现象，密度骤降，体系内水分子成团

Yancyan

尊敬的各位老师，新年快乐！在使用AMBER20中的pmemd.cuda工具对包含蛋白和小分子的体系进行模拟时，我按照常规流程先进行了最小化、加热和NVT（恒温恒体积）平衡阶段，各个阶段均顺利完成。然而，在随后进行NPT（恒温恒压）平衡阶段时遇到了问题，具体表现为体系崩溃，表现为体系密度急剧下降，通过VMD软件观察发现水分子出现团聚现象，并且小分子脱离了蛋白质结构。为解决此问题，我尝试了延长NPT阶段的时间长度以及减小步长等策略，但未能有效改善这一状况。

值得注意的是，当使用sander.MPI执行相同的输入文件时，该体系表现稳定并无异常。然而，一旦改用pmemd.cuda进行模拟，无论是直接运行NPT阶段还是继续基于sander.MPI稳定结果进行MD模拟，都会重现体系膨胀及水分子团聚的问题。我还尝试了更换不同的水模型和力场，但结果依然相同。

此研究工作是在一台新购入的机器上进行的第一项模拟任务。有趣的是，同样的体系在其他工作站上使用AMBER18版本可以顺利进行模拟，没有遇到类似问题。因此，我想请教各位，这是否可能是因为新机器配置或环境设置方面的原因导致了上述不稳定现象的发生？

rpestana94

Have you tried with Amber22?

casea

用sander.MPI运行了多久之后再跑的pmemd.cuda, 之前遇到的情况是直接上cuda体系会直接爆炸，我的做法是先用MPI跑个几百ps之后等体系稳定在用cuda

Yancyan

rpestana94 发表于 2024-2-21 22:58
Have you tried with Amber22?

Hello, I have tried using Amber22 and encountered the issue of system crashes during the NPT phase as well.

Yancyan

casea 发表于 2024-2-22 08:28
用sander.MPI运行了多久之后再跑的pmemd.cuda, 之前遇到的情况是直接上cuda体系会直接爆炸，我的做法是先用 ...

您好，您说的这个方法我也尝试过，我用sander.MPI跑了NPT收敛体系，然后用所产生的轨迹文件使用pmemd.cuda进行MD，但是在这个阶段依然会出现同样的问题，如图6所示。体系的构建应该是没有问题的，因为已经在别的机器中跑过，我猜测可能是cuda的问题。正在尝试安装别的版本的cuda来运行

t11b41

我也一直疑惑这个问题，之前组里一直说CPU和GPU的区别（sander和cuda的区别），说CPU适合平衡体系，GPU适合变构体系，听着跟玄学似的，不知道算法背后是不有内在原因。

因为上述原因，我们的体系处理protocol是，最小化（CPU），加温（CPU），预平衡（CPU），模拟（GPU）。CPU计算的速度和cuda加速肯定没法比，结果就是的CPU的算力成了我们的决速步骤了。并且，超过10W原子的体系根本不敢碰，因为根本算不动。

问题：最小化（CPU），加温（CPU），预平衡（CPU）这三个过程是否可以用CUDA去跑？

Yancyan

t11b41 发表于 2024-2-23 17:17
我也一直疑惑这个问题，之前组里一直说CPU和GPU的区别（sander和cuda的区别），说CPU适合平衡体系，GPU适合 ...

当然没问题了，速度更快，和sander相比基本没有太明显的差异

Yancyan

目前问题解决，是cuda11.7版本问题。可以安装低版本cuda来解决。

davide1988

Yancyan 发表于 2024-2-23 20:48
目前问题解决，是cuda11.7版本问题。可以安装低版本cuda来解决。

你安装的是哪个版本的，我也遇到了，类似的问题。同样的体系用30系列显卡正常，40系列显卡就跑散了