求绘制D氨基酸残基和糖（糖肽）的工具

azero · 发表于 Post on 2023-11-24 23:52:35

要绘制细菌细胞壁的三维分子式，类似附件的，用GaussView一个个手动画太难了，又容易出错，
求助有没有比较好的工具，或者有没有数据库之类能下载然后修改一下的

乐平 · 发表于 Post on 2023-11-25 18:36:10

GaussView 有搭建生物分子的工具，如下图所示。里面有各种 C-末端，N-末端连接的氨基酸残基，供你选择。

当然，如果你还嫌麻烦，且如果你知道你要的生物分子的 PDB ID，那么你可以直接在 RCSB PDB: Homepage 数据库里搜索

azero · 发表于 Post on 2023-11-30 10:27:34

乐平发表于 2023-11-25 18:36
GaussView 有搭建生物分子的工具，如下图所示。里面有各种 C-末端，N-末端连接的氨基酸残基，供你选择。

...

这几天忙着别的事，现在才看到 -_-！！
我试了试，GaussView能画L型氨基酸，而D型好像不能吧
我想画的是细菌细胞壁的糖肽结构，大分子库应该是木有的=0=

amote · 发表于 Post on 2024-7-1 17:36:26

azero 发表于 2023-11-30 10:27
这几天忙着别的事，现在才看到 -_-！！
我试了试，GaussView能画L型氨基酸，而D型好像不能吧
我想画的 ...

请问楼主后来有找到吗？我也是想构建革兰氏阴性和革兰氏阳性菌的相关文件，也想着有没有网站能直接下载的模板来修饰直接用的。

student0618 · 发表于 Post on 2024-7-1 17:51:34

Avogadro / gabedit have this option
See screenshots at http://sobereva.com/687

amote · 发表于 Post on 2024-7-3 13:53:33

https://pubs.acs.org/doi/epdf/10.1021/ja7108135，JACS这篇文章有提供了大肠杆菌的肽聚糖结构，我看了下关于革兰氏阴性和阳性细菌的区别，主要在于肽聚糖的数量，以及肽聚糖末端的肽键怎么相连，不同的细菌会有不同的区别。希望JACS这篇文章能帮到你。

amote · 发表于 Post on 2024-7-3 13:59:47

https://www.sciencedirect.com/sc ... 15?via%3Dihub#f0005，这篇文章也提供了不同细菌的肽聚糖类型结构上的差异，em，关于你说的工具，我还没有找到，要是你找到了，希望能够分享下。

乐平 · 发表于 Post on 2024-7-3 14:20:34

azero 发表于 2023-11-30 10:27
这几天忙着别的事，现在才看到 -_-！！
我试了试，GaussView能画L型氨基酸，而D型好像不能吧
我想画的 ...

L- 和 D- 是手性碳相互转换吧

用 GaussView 的交换原子工具就行了

选中上面红框里的工具，然后用鼠标点在手性碳上。

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[综合交流] 求绘制D氨基酸残基和糖（糖肽）的工具