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[综合交流] 不同RDF分析方法得到的峰值不同合理吗?

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同一个体系的同一个XDATCAR文件,用了vasppy(https://vasppy.readthedocs.io/en/latest/examples/rdfs.html#Calculating-radial-distribution-functions)和pymatgen(pymatgen-analysis-diffusion/examples/radial_distribution_function.ipynb at master · materialsvirtuallab/pymatgen-analysis-diffusion · GitHub)计算RDF得到的结果有点区别,想请问大家不同RDF分析方法得到的峰值不同合理吗?为什么会有区别呢?

202310291729052170..png (56.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)

vasppy计算的RDF

vasppy计算的RDF

202310291726471989..jpg (18.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 31)

pymatgen计算的RDF

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发表于 Post on 2023-10-30 02:19:39 | 只看该作者 Only view this author
曲线形状基本一样,纵坐标数值差异大抵来自不同程序归一化处理不一样。我不用这俩程序,可以考虑用VMD算rdf,那个结果非常标准
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-30 10:33:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-30 02:19
曲线形状基本一样,纵坐标数值差异大抵来自不同程序归一化处理不一样。我不用这俩程序,可以考虑用VMD算rdf ...

谢谢老师,我用VMD算了一个,峰值也不一样,就是说这三种算法的归一化处理都有区别,那是不是说这个g(r)的绝对值没有什么特别的意义,只要比较的时候用同一个程序算就行了?

202310301030221385..png (13.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

202310301030221385..png

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发表于 Post on 2023-10-31 03:47:16 | 只看该作者 Only view this author
fux 发表于 2023-10-30 10:33
谢谢老师,我用VMD算了一个,峰值也不一样,就是说这三种算法的归一化处理都有区别,那是不是说这个g(r) ...

绝对值有意义。对周期性体系rdf有标准的计算公式,是壳层里被统计的原子的密度相对于盒子里此种原子的平均密度
没体系细节没法说。注意确保计算rdf前VMD里有盒子信息

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-31 14:38:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-31 03:47
绝对值有意义。对周期性体系rdf有标准的计算公式,是壳层里被统计的原子的密度相对于盒子里此种原子的平 ...

感谢!加了pbc设置后得到的配位数要合理多了!

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发表于 Post on 2024-5-24 09:29:53 | 只看该作者 Only view this author
可以请问下,如何使用vmd进行rdf分析吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-20 14:34:44 | 只看该作者 Only view this author
aff 发表于 2024-5-24 09:29
可以请问下,如何使用vmd进行rdf分析吗?

如图

微信图片_20240620143246.png (31.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

微信图片_20240620143246.png

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发表于 Post on 2024-7-4 14:41:16 | 只看该作者 Only view this author

感谢您的回复!!

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