学生遇到的问题是：packmol构建初始结构的时候分子是完整的，然后跑完em分子就断了...

wuliu · 发表于 Post on 2023-8-29 10:04:49

本帖最后由 wuliu 于 2023-8-29 14:39 编辑

学生遇到的问题是：packmol构建初始结构的时候分子是完整的，然后跑完em分子就断了，按照老师的提示http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8还是没找到问题的所在，一下是体系的相应文件，学生的体系是稠环受体小分子与CF溶剂做动力学模拟，还请老师在此指点

CF-Y6.pdb (95.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

wl-minim.mdp (1.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

Y6.top (132.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

CF.top (1.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

topol.top (2.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

CF.pdb (349 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

Y6.pdb (12.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

pupukoNANA · 发表于 Post on 2023-8-29 13:43:13

截图，看看是哪个分子断了。顺便再检查一下拓扑文件和结构文件的原子类型顺序是否一致。

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2023-8-29 13:43:58

好像没什么问题，这个体系的溶剂分子中的C-Cl键长在itp中的数值约为1.8埃，VMD根据距离判断是否成键的阈值好像就在这附近，所以会判定一些分子没有成键。

wuliu · 发表于 Post on 2023-8-29 14:31:20

pupukoNANA 发表于 2023-8-29 13:43
截图，看看是哪个分子断了。顺便再检查一下拓扑文件和结构文件的原子类型顺序是否一致。

检查过拓扑文件和结构文件的原子类型顺序是一致的，是氯仿分子在VMD可视化时断了

wuliu · 发表于 Post on 2023-8-29 14:44:22

Frozen-Penguin 发表于 2023-8-29 13:43
好像没什么问题，这个体系的溶剂分子中的C-Cl键长在itp中的数值约为1.8埃，VMD根据距离判断是否成键的阈值 ...

您好，那么请问为啥会出现packmol构建初始结构的时候分子是完整的，然后跑完em分子就断了，如发帖中的图所示的情况呢，那么我是否可以基于em得到的gro文件继续跑npt以及成品模拟

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2023-8-29 20:35:24

packmol读取的PDB里面键长大约是1.7埃，所以packmol输出的结果键长都一样是约1.7埃，但是itp里面键长是约1.8埃，所以模拟的时候键长就会在1.8埃附近变化，从而有可能超过判断的阈值，这只是可视化的结果，并不是真的键断了。在用VMD读取能量最小化结果之前，先载入包含化学键信息的文件，例如下面给出的prmtop文件，就可以正常显示了。

wuliu · 发表于 Post on 2023-8-30 08:21:41

Frozen-Penguin 发表于 2023-8-29 20:35
packmol读取的PDB里面键长大约是1.7埃，所以packmol输出的结果键长都一样是约1.7埃，但是itp里面键长是约1. ...

非常感谢您的耐心解答，请问CF-Y6.prmtop文件是如何获取的？我按照您的提示还是如一楼em.gro图片所示,显示感觉像键断了一样

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2023-8-30 15:45:48

wuliu 发表于 2023-8-30 08:21
非常感谢您的耐心解答，请问CF-Y6.prmtop文件是如何获取的？我按照您的提示还是如一楼em.gro图片所示,显 ...

用VMD读取的时候第一步是load molecule，加载prmtop，这里面包含了原子名称、属性以及化学键等信息，但是没有原子坐标信息，然后用load data into molecule，将坐标信息读入这个分子内。你的读取方法是分别读入了两个系统中，所以没有显示出化学键。
转换工具是parmed。

wuliu · 发表于 Post on 2023-8-30 16:09:02

Frozen-Penguin 发表于 2023-8-30 15:45
用VMD读取的时候第一步是load molecule，加载prmtop，这里面包含了原子名称、属性以及化学键等信息，但是 ...

非常感谢您的回复，请问为啥氯仿分子会显示不正常，另一个分子确显示是正常的呢，想知道导致可视化差异的原因是什么，您知道吗？我是刚接触分子动力学估计问题有些太基础，还望海涵，就是想了解导致这一现象的本质性原因

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2023-8-30 19:24:37

wuliu 发表于 2023-8-30 16:09
非常感谢您的回复，请问为啥氯仿分子会显示不正常，另一个分子确显示是正常的呢，想知道导致可视化差异的 ...

很多时候用VMD看结构的时候是没有化学键信息的，这时候VMD就会根据距离来判断是否成键，这个化学键的键长比大多数情况要长，所以VMD判断不成键，如果将阈值调高，可能又会导致其他误判，多出很多化学键。

wuliu · 发表于 Post on 2023-8-31 15:49:40

Frozen-Penguin 发表于 2023-8-30 19:24
很多时候用VMD看结构的时候是没有化学键信息的，这时候VMD就会根据距离来判断是否成键，这个化学键的键长 ...

谢谢您的耐心回复，感谢！那是不是说明其实这个文件本身是没啥问题的，可以继续基于此em.gro进行npt以及MD模拟，em.gro文件只是在vmd显示不正常而已,不会影响模拟的结果

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