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[GROMACS] 求助:怎么做只包含一个小分子部分原子的.ndx?

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楼主
你好!

我再跑一个膜蛋白和小分子的体系,用的gromacs软件。现在我想计算小分子头部苯环到蛋白TM6上端残基的距离,但是不知道怎么用gmx_mpi make_ndx 指令得到小分子头部苯环的索引,请问大家怎么选可以生成小分子头部苯环的索引?

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发表于 Post on 2023-8-28 15:44:30 | 只看该作者 Only view this author
make_ndx里按照原子序号或者原子名选择就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-28 18:09:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 灵芝5 于 2023-8-28 18:15 编辑

谢谢卢老师!

请问卢老师,做ndx时的要写的原子序号是pdb文本里的原子序号吗?选原子序号用a指令?

202308281815003683..png (53.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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发表于 Post on 2023-8-29 23:26:28 | 只看该作者 Only view this author
灵芝5 发表于 2023-8-28 18:09
谢谢卢老师!

请问卢老师,做ndx时的要写的原子序号是pdb文本里的原子序号吗?选原子序号用a指令?

对应结构文件里的序号
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-30 20:41:17 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢卢老师解答

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发表于 Post on 2023-9-3 00:22:04 | 只看该作者 Only view this author
其实最简单的不是用什么程序
而是打开PDB/gro 用眼睛看到底是哪几个原子是苯环
比如苯环碳是编号是X0, X1 .... X5
那么你就用记事本写

[ benzene ]
X0 X1 X2 X3 X4 X5

就搞定了

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