计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 997|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 加离子的时候出现下面报错

[复制链接 Copy URL]

13

帖子

0

威望

145

eV
积分
158

Level 3 能力者

加入离子的时候用的gmx genion -s em.tpr -p mix.top -o mix3.gro -np 17 -nn 17 -pname LI -nname I 命令后报错,显示拓扑文件找不到水分子。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120159

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-6-1 05:21:48 | 只看该作者 Only view this author
当前拓扑文件里[molecules]里必须有SOL
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

13

帖子

0

威望

145

eV
积分
158

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-1 09:14:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-1 05:21
当前拓扑文件里[molecules]里必须有SOL

拓扑文件中已经有水分子,并且已经尝试用命令添加水分子;在加离子那一步就是不显示水分子

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120159

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2023-6-1 12:17:46 | 只看该作者 Only view this author
LY1 发表于 2023-6-1 09:14
拓扑文件中已经有水分子,并且已经尝试用命令添加水分子;在加离子那一步就是不显示水分子

看看opc3.itp里分子名是不是SOL
也可以不提供拓扑文件,加完离子后再手动改
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1

帖子

0

威望

13

eV
积分
14

Level 1 能力者

5#
发表于 Post on 2025-4-27 15:56:32 | 只看该作者 Only view this author
您好,请问解决这个问题了吗?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 13:27 , Processed in 0.170522 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list