MCPB.py构建P450酶(Cpd1)电荷设置问题

Dongxiao · 发表于 Post on 2023-3-27 12:54:54

大家好，我在用MCPB.py构建P450酶的Cpd1体系时，遇到了一些电荷设置问题：
(1) 因为Por.+体系，porphyrin+两个羧基的总formal电荷应该是-3对吗，然后我把spin multiplicity设置为了2，会报错。
报错信息是我的charge和spin multiplicity不匹配。请问大家都是怎么解决这个问题的。
(2) Cpd1上面和铁相连的氧的formal电荷是-2对吗？

plus · 发表于 Post on 2023-3-27 14:10:29

Fe(+4), O(-2), SH(-1), Por(+1-2)，中间的两个NH脱质子所以-2，不带羧酸根整体电荷为0

Dongxiao · 发表于 Post on 2023-3-28 17:01:28

plus 发表于 2023-3-27 14:10
Fe(+4), O(-2), SH(-1), Por(+1-2)，中间的两个NH脱质子所以-2，不带羧酸根整体电荷为0

好的，谢谢

卡卡-14 · 发表于 Post on 2025-4-28 10:45:36

但是MCPB不识别FE的+4价呀？

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[综合交流] MCPB.py构建P450酶(Cpd1)电荷设置问题

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