求助，研究蛋白质及其配体在金上的吸附，分子对接软件如何选择

qingqingdong

各位老师，我近期准备做蛋白质及其配体在金表面的吸附，目前有两种方案：
1、蛋白质与配体做一个分子对接，对接后得到一个复合物，再将该复合物放于金表面上，做分子动力学模拟，研究吸附以及解离；

本人是分子对接小白，关于对接现在比较常用的是DOCK和AutoDock两种软件，对于如何选择还不太明白，请老师们赐教；

2、不做对接，先做蛋白质在金上的吸附的分子动力学模拟，之后将蛋白质与金固定，放入配体，再做分子动力学模拟，研究配体与蛋白质的结合以及吸附；

以上两种方案不知是否有不足之处，恳请各位老师指导

rpestana94

1. About the docking, you can use the software that better suits you, Autodock vina is a popular option because is free and is easy integrated with python, soy you can write a script really easy, but at the end you use what you find more straightforward.

2. I not an expert in this kind of system using gold and biomolecules, but I suggest you study first the absorption phenomena just with the protein without ligand and then with the ligand docked, to compare how the ligand affects the absorption (which I assume is what you want to see), also you need to do some simulation with the protein and the ligand just to check how the ligand affect the stability of the protein.  

sobereva

1 AutoDock是流行度最高的，而且免费，至少先把这个掌握了

2 具体怎么做，看配体产生什么影响。如果配体结合的位置距离蛋白与金接触的地方较远，配体的结合和吸附没有什么相干性，而且配体又不显著影响蛋白质整体构象，那过程随意

qingqingdong

rpestana94 发表于 2023-2-10 16:38
1. About the docking, you can use the software that better suits you, Autodock vina is a popular opt ...

Thanks  for your suggestions, it is very useful for me

qingqingdong

sobereva 发表于 2023-2-10 19:02
1 AutoDock是流行度最高的，而且免费，至少先把这个掌握了

2 具体怎么做，看配体产生什么影响。如果配体 ...

感谢回复，那我先做蛋白质与配体的分子动力学模拟，再决定后续应该使用哪种方案