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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 谈谈记录化学体系结构的mol2文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-12 05:27:14 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-2-11 11:54
社长你好,我还有点疑惑,BOND字段里ar成键类型的适用范围有多广呢?比如,吲哚的六元环上的键全是ar,但独 ...

属于五元环的氮碳键、碳碳键也算ar,毕竟在pi共轭范围内。算不算ar没有严格的确切的界定标准
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发表于 Post on 2025-2-12 08:14:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-2-12 05:27
属于五元环的氮碳键、碳碳键也算ar,毕竟在pi共轭范围内。算不算ar没有严格的确切的界定标准

那还是看实际的体系和力场对形式键级的需要来定义成键类型好了。

这篇博文2.2节说到mol2的原子类型定义有“Du代表虚原子(dummy)”,但是GaussView能读取却不能保存含有虚原子的mol2文件,而且sobtop也没法识别。如果能支持虚原子的话,或许有助于定义一些特殊的“成键项”。比如类似http://sobereva.com/635的二茂铁拓扑文件,但俩茂环中心各有一虚原子Du,约束与各自环上的碳原子的Du-C“键长”,这样可以产生Du-Fe“键长”项、Du1-Fe-Du2“键角”项和C1-Du1-Du2-C2跨过铁的“二面角”项描述俩环的整体相对运动。
√546=23.36664289109

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