简单量子化学问题答疑专帖

大头攒毛

sobereva 发表于 2023-3-13 21:29
先把体系简化，别带着无关区域的一堆原子，浪费时间又碍事，找到了过渡态之后再把那些不重要的地方加上

...

谢谢sob老师的指导

lzh1

sobereva 发表于 2023-3-13 21:21
初始结构有问题

用这个输入文件

好的，谢谢老师

wangwangwang

Ganuassian安装后，打开图形界面自动闪退，安装了很多版本都不可以，找淘宝安装了虚拟机仍无法解决闪退问题。求助后同学告诉我软件没问题，并给我做了一个脚本，让我拖进脚本运算，脚本运算可以正常进行，同学告诉我可能是显卡问题，让我更新显卡，我更新之后还是闪退。之后便用脚本计算。
刚刚做作业，用view画了个苯，发现用view做好jgf文件，view提示是否用Ganuassian运算，我点确定，却出现2070错误，Ganuassian图形界面未闪退（写完此贴想回去截个图，发现又闪退了）并出现2070错误，我打开文件夹没有看到out文件，只有log文件。之后我用同学帮忙做的脚本运行这个jgf，也出错，但有out 文件，附件也已奉上。
烦请各位大佬帮我这个菜鸟看一看，感激涕零。

cokie

请问老师，用B3LYP/6-31G(d)/SDD，来算含有有机大环配体的Pt配合物（用Gaussian优化，做激发计算，计算磷光寿命，在dalton用二次响应理论计算双光子吸收截面），是否合适呢？我计算出的双光子吸收截面要远小于实验测试的双光子吸收截面值（大概是实验值的四分之一）请问应该在哪里做修正呢？谢谢老师！

mfdsrax2

问一个基础一点的问题，对于一个确定的结构和理论计算级别，都一定有唯一的收敛SCF吗？因为之前老是遇到SCF不收敛的情况，想知道就是本身就不存在这个收敛的SCF，还是说只是因为没有提供更好的初猜和计算方法，导致最终不收敛

chands

wangwangwang 发表于 2023-3-13 23:36
Ganuassian安装后，打开图形界面自动闪退，安装了很多版本都不可以，找淘宝安装了虚拟机仍无法解决闪退问题 ...

"Out-of-memory error in routine RdGeom-AllZAt (IEnd=      24298650 MxCore=      13107200)
Use %mem=24MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step."
out文件说了，内存不够，加大内存。
“# opt freq hf/6-31g(d)"
你算什么分子呀，怎么用这么古董的级别？

糖糖糖豆9988

请教各位老师，在安装ORCA的时候，环境变量如图1所示，附件中的测试例子报错“ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpirun -np 4  /home/fym/TL/ORCA/orca_gtoint_mpi CO.int.tmp CO
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run”
；运行ls /hone/fyn/TL/openapi-4.1.1/bin和ls /hone/fyn/TL/openapi-4.1.1/lib显示图片2和3的内容；运行mpirun --V显示的还是mpirun 2.1.1 ；请问老师，还是环境变量的问题吗？谢谢

wzkchem5

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-14 08:23
请教各位老师，在安装ORCA的时候，环境变量如图1所示，测试例子报错“ORCA finished by error termination  ...

上传完整的输出文件
注意“ORCA finished by error termination in GTOInt”并不必然意味着是openmpi的问题

糖糖糖豆9988

wzkchem5 发表于 2023-3-14 17:31
上传完整的输出文件
注意“ORCA finished by error termination in GTOInt”并不必然意味着是openmpi的 ...

抱歉老师，就是一个测试例子，麻烦您看看。

wzkchem5

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-14 10:33
抱歉老师，就是一个测试例子，麻烦您看看。

报错已经说得很清楚了
The file does not contain orbitals - skipping AutoStart

wzkchem5

mfdsrax2 发表于 2023-3-14 07:45
问一个基础一点的问题，对于一个确定的结构和理论计算级别，都一定有唯一的收敛SCF吗？因为之前老是遇到SCF ...

SCF就是（在保持轨道正交归一的情况下）调整波函数让电子能最小的过程。所以如果一个体系不存在SCF解，就说明以下几点之一成立：
（1）这个体系的电子能没有下界；
（2）这个体系的电子能有下界，但是取下界时能量关于波函数不可导。
这两个条件都非常的exotic和unphysical，因此一般除非程序有bug，否则不会触发这两个条件。
另外一方面，SCF解、乃至稳定的SCF解，很可能不唯一。最简单的例子就是拉伸至无穷远的氢分子，氢1自旋朝上、氢2自旋朝下是一个SCF解，氢2自旋朝上、氢1自旋朝下是另一个SCF解。

糖糖糖豆9988

wzkchem5 发表于 2023-3-14 17:36
报错已经说得很清楚了
The file does not contain orbitals - skipping AutoStart

谢谢老师，我没有用过orca，就是使用的测试例子，输入文件如图，之前在4.2.0版本测试顺利，是输入文件需要包含轨道吗？

wzkchem5

wangwangwang 发表于 2023-3-13 16:36
Ganuassian安装后，打开图形界面自动闪退，安装了很多版本都不可以，找淘宝安装了虚拟机仍无法解决闪退问题 ...

改用linux，用命令行版的高斯算。正规做高斯计算的基本没有用Windows版图形界面的
另外好好注意一下高斯怎么拼，这个拼错了会被人笑话的

wzkchem5

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-14 10:40
谢谢老师，我没有用过orca，就是使用的测试例子，输入文件如图，之前在4.2.0版本测试顺利，是输入文件需 ...

仔细看输出文件，一行一行看，看不懂用在线词典翻译了再看。报错原因的前因后果都写得很清楚了
The File: CO.gbw exists
Trying to determine its content:
     ... The file does not contain orbitals - skipping AutoStart

糖糖糖豆9988

wzkchem5 发表于 2023-3-14 17:46
仔细看输出文件，一行一行看，看不懂用在线词典翻译了再看。报错原因的前因后果都写得很清楚了
The File ...

老师，抱歉再打扰您。刚才的out文件显示Checking for AutoStart是没有删除上次计算的.gbw文件，所以out文件里面会显示已经有该文件存在并尝试读取。我删除之后重新提交，没有这一部分，新的out文件在机组信息部分之后直接输出“-------------------------------------------------------Primary job  terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code.. Per user-direction, the job has been aborted.
-------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causing
the job to be terminated. The first process to do so was:

  Process name: [[48009,1],0]
  Exit code:    127
--------------------------------------------------------------------------

ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpirun -np 4  /home/fym/TL/ORCA/orca_gtoint_mpi CO.int.tmp CO
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run”这还是并行有问题吧？谢谢老师