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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-11-20 11:26:05 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-11-18 18:35
混合熵指的是你把两个纯物质A和B混合,变成A和B的混合溶液,所引起的熵变。
所以首先,A(溶液)+B(溶液) ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2024-11-20 11:48:49 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,能不能举个双群double group的简单例子?网上说它和旋轨耦合有关,感觉很复杂

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发表于 Post on 2024-11-20 13:10:26 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2024-11-20 04:48
老师您好,能不能举个双群double group的简单例子?网上说它和旋轨耦合有关,感觉很复杂

看doi: 10.1002/qua.22078
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-11-20 15:45:08 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-11-20 13:10
看doi: 10.1002/qua.22078

谢谢老师

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发表于 Post on 2024-11-20 16:24:05 | 只看该作者 Only view this author
老师好,有没有办法可以让过渡态的振动模式修改为中心原子静止,例如在此动画中的将中心的C原子相对静止来振动,达到SN2文件中的效果,还是说制作这样的动画只能AE or blender


动画.zip (1.57 MB, 下载次数 Times of downloads: 3) SN2.zip (111.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-20 17:58:07 | 只看该作者 Only view this author
Solitude198 发表于 2024-11-20 16:24
老师好,有没有办法可以让过渡态的振动模式修改为中心原子静止,例如在此动画中的将中心的C原子相对静止来 ...

如果你的动画是基于多帧的xyz轨迹文件产生的,尝试载入VMD并利用VMD的RMSD trajectory tool,对指定的原子做align消除其整体运动,然后保存成新的xyz轨迹文件

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欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2024-11-20 20:06:52 | 只看该作者 Only view this author

Error termination via Lnk1e in

各位大家好!我做个优化,输入文件如下:(原子我用A,B代替)
%chk=111.chk
%mem=4GB
%nprocshared=4
# opt 6-311+g(d) pop=full qcisd

AB

0 2
A               -0.91645200    1.38239300   -0.88983700
A                1.65631700    0.10249000   -0.88789800
A                0.69436500    1.39002000    1.51804800
A                0.85614900   -1.29630500    1.51812600
A                -1.55152500   -0.09191700    1.51784600
Al               -0.73980500   -1.48719700   -0.88625000
B                 1.60809800    3.23156000   -0.77997900
B                1.99580400   -3.00759100   -0.78025900
B                -3.60261100   -0.22335200   -0.78063500

输出文件如下:**********************

DD1Dir will call FoFJK   1 times, MxPair=       320
NAB=   110 NAA=    55 NBB=    45 NumPrc=  4.
DE(Corr)= -0.49473981     E(CORR)=     -1937.5345387     Delta=-3.45D-08
NORM(A)=   0.13627613D+01
*************
*MAX. CYCLES*
*************
Dominant configurations:
***********************
Spin Case        I    J    A    B          Value
    AA           53        57            0.117961D+00
    AA           54        58            0.117678D+00
    BB           54        70           -0.135738D+00
Largest amplitude= 1.36D-01
Error termination via Lnk1e in /opt/Gaussian.Linda/g16/l913.exe at Wed Nov 20 18:30:07 2024.
Job cpu time:       0 days  3 hours 11 minutes 33.7 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours 53 minutes 55.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=  10778 Int=      0 D2E=      0 Chk=      4 Scr=      1
希望各位大神指点一下,感谢!

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发表于 Post on 2024-11-20 22:45:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Solitude198 于 2024-11-21 16:42 编辑
sobereva 发表于 2024-11-20 17:58
如果你的动画是基于多帧的xyz轨迹文件产生的,尝试载入VMD并利用VMD的RMSD trajectory tool,对指定的原 ...

确实是基于多帧xyz生成的。


我先用chatgpt写了py脚本来自动对齐想要的原子,但想用CYLview得到图片还是不行,它似乎不会从固定视角去看,会追踪分子总体

但是放入VMD确实能达到相对静止的效果,谢谢老师

xyz_file&png&py_script.zip (292.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-21 05:07:06 | 只看该作者 Only view this author
wyq020128 发表于 2024-11-20 20:06
各位大家好!我做个优化,输入文件如下:(原子我用A,B代替)
%chk=111.chk
%mem=4GB

如今没有任何理由用QCISD,别随便效仿过时的文献,CCSD是好多得到选择,耗时基本一样

这种基组给后HF用过于糟糕。若追求高精度,此体系的后HF优化一般应当用def2-TZVP

计算资源这么贫乏,用CCSD优化这玩意是绝对的下策。没有具体体系信息没法准确推荐泛函。

单纯说那个问题本身,参考北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KBQC)以下幻灯片


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-11-30 22:22:31 | 只看该作者 Only view this author
wyq020128 发表于 2024-11-20 20:06
各位大家好!我做个优化,输入文件如下:(原子我用A,B代替)
%chk=111.chk
%mem=4GB

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 3%BC%FB%B1%A8%B4%ED

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发表于 Post on 2024-12-4 11:25:15 | 只看该作者 Only view this author

计算BSSE校正能报错

请问老师我计算BSSE校正能这个报错是什么原因呢?我上传了输入输出文件

1.gjf

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1.out

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发表于 Post on 2024-12-4 13:55:38 | 只看该作者 Only view this author
输入文件最后面再空一行

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发表于 Post on 2024-12-4 21:22:31 | 只看该作者 Only view this author

自由基阴离子的计算问题

gaussian中对于自由基阴离子如何在charge和spin中进行设置。是先设置好阴离子charge,然后spin在gaussview中直接默认就好吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-4 21:38:30 | 只看该作者 Only view this author
kaier 发表于 2024-12-4 21:22
gaussian中对于自由基阴离子如何在charge和spin中进行设置。是先设置好阴离子charge,然后spin在gaussview ...

根据实际的写
净电荷该是多少设多少,自旋多重度按北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KEQC)讲的判断:

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发表于 Post on 2024-12-5 10:43:02 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好 我在看论文的过程中发现 这篇论文IRI分析的横坐标(sign(I2)r)与Multiwfn说明里的IRI横坐标(sign(λ2)ρ)不一样 想问一下有什么区别 谢谢老师

IRI.png (188.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

IRI.png

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