使用QEtoolkit便利地创建QE的各种输入文件

丁越 · 发表于 Post on 2023-1-3 09:13:22

qzm 发表于 2023-1-2 20:30
丁老师，我运行时又发现个问题，使用Ms软件搭建好结构输出1.cif 文件
服务器使用 qekitQEtoolkit-2.sh 1 ...

对，首先保证Multiwfn是正确安装并且可运行的。

qzm · 发表于 Post on 2023-1-12 08:09:11

能把您脚本里的提到的这几类赝势打包发上来吗？非常感谢

qzm · 发表于 Post on 2023-1-12 08:42:42

本帖最后由 qzm 于 2023-1-12 11:01 编辑

我安装的 Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux_noGUI 版本
qetool2脚本和使用采用MS软件搭建生成的.CIF文件
运行脚本功能1
报错无图，显示读取不了信息

运行Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux_noGUI 可以载入该cif 文件

丁越 · 发表于 Post on 2023-1-13 09:16:44

qzm 发表于 2023-1-12 08:42
我安装的 Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux_noGUI 版本
qetool2脚本和使用采用MS软件搭建生成的.CIF文件
运行 ...

你下载有GUI的版本，我这里Multiwfn有GUI的版本是没问题的。

qzm · 发表于 Post on 2023-1-13 13:21:52

丁越发表于 2023-1-13 09:16
你下载有GUI的版本，我这里Multiwfn有GUI的版本是没问题的。

我win10 如果安装个PYCHARM 是否可以运行您编写这个脚本呢？

丁越 · 发表于 Post on 2023-1-13 14:11:09

qzm 发表于 2023-1-13 13:21
我win10 如果安装个PYCHARM 是否可以运行您编写这个脚本呢？

不行，这不是python脚本，是shell写的，你装个WSL或者虚拟机可以运行这个。

qzm · 发表于 Post on 2023-1-13 20:02:52

电脑4核 8g内存安装虚拟机，跑您这里的例子能跑动吗？

丁越 · 发表于 Post on 2023-1-13 20:10:08

qzm 发表于 2023-1-13 20:02
电脑4核 8g内存安装虚拟机，跑您这里的例子能跑动吗？

这不是计算程序，只是简单的创建输入文件的脚本而已，任何装linux系统机子都行。

qzm · 发表于 Post on 2023-1-18 20:20:47

丁老师，我想请教下脚本里如何计算每个原子最终的带电量，好判定转移电子数？

丁越 · 发表于 Post on 2023-1-19 09:53:42

qzm 发表于 2023-1-18 20:20
丁老师，我想请教下脚本里如何计算每个原子最终的带电量，好判定转移电子数？

这个计算原子电荷就行，比如你做PDOS分析，输出文件里面包含有Lowdin电荷。或者你可以拿Bader程序结合QE做AIM电荷分析(bader电荷)。

qzm · 发表于 Post on 2023-1-20 14:50:23

丁越发表于 2023-1-19 09:53
这个计算原子电荷就行，比如你做PDOS分析，输出文件里面包含有Lowdin电荷。或者你可以拿Bader程序结合QE ...

您能说下 Bader程序结合QE 如何使用吗？或者有什么好的教程推荐下谢谢

丁越 · 发表于 Post on 2023-1-20 22:04:06

qzm 发表于 2023-1-20 14:50
您能说下 Bader程序结合QE 如何使用吗？或者有什么好的教程推荐下谢谢

去看该程序的官方手册，里面有详细介绍。

lhx-xwzj · 发表于 Post on 2023-12-26 15:18:17

丁越发表于 2022-11-21 15:55
把1667行附近的那几行代码注释了，我抽空再看看是哪的问题。

丁老师好，cp2k遇到Ni111不收敛的问题，根据您的建议今天转战QE，在鼓捣QE的时候找到了这个好用的工具，非常棒，把1667附近的这个功能注释后完全没问题，但这个问题有解决吗？我看166附近这个功能是读取频率的，我后续计算应该也会涉及到频率，第一天用QE，不太清楚QE的相关功能，请问该功能禁用影响大吗？谢谢您

丁越 · 发表于 Post on 2023-12-27 09:02:29

lhx-xwzj 发表于 2023-12-26 15:18
丁老师好，cp2k遇到Ni111不收敛的问题，根据您的建议今天转战QE，在鼓捣QE的时候找到了这个好用的工具， ...

你把计算得到的气体分子的振动频率提取出来手写一个Shermo的输入文件，然后交给Shermo计算各种热力学量就行。

lhx-xwzj · 发表于 Post on 2024-1-2 16:31:02

本帖最后由 lhx-xwzj 于 2024-1-15 20:32 编辑

丁老师您好，最近在用QE计算Ni111 slab表面吸附CO2的热力学量时按照您提供的案例2.5遇到如下问题：
1.结构优化后可以直接进行声子计算吗，还是需要再额外进行一次单独的scf计算呢？
2.生成.ph.in输入文件后，如果直接运行会报错“gamma_gamma tricks with nat_todo not available. Use nogg=.true.”，按照提示加上“nogg=.true.”后能正常运行，但好像运行特别慢，丁老师能给点建议吗，谢谢
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