Amber14安装方法

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-7-14 09:50:32

sobereva 发表于 2016-7-14 09:43
虽然也可以，但是很多工具只有编译串行版的时候才会生成，所以只编译并行版得到的是不完整的。

我明白了，谢谢Sob老师！

lsbaa1937 · 发表于 Post on 2017-3-19 14:21:31

老师你好我在安装并行版时出现以下错误并且没有.MPI后缀的文件是怎么回事
make[4]: *** [cpptraj] 错误 1
make[4]: Leaving directory `/home/AMBER/amber14/AmberTools/src/cpptraj/src'
make[3]: *** [parallel] 错误 2
make[3]: Leaving directory `/home/AMBER/amber14/AmberTools/src/cpptraj'
make[2]: *** [cpptraj] 错误 2
make[2]: Leaving directory `/home/AMBER/amber14/AmberTools/src'
make[1]: *** [parallel] 错误 2
make[1]: Leaving directory `/home/AMBER/amber14/AmberTools/src'
make: *** [install] 错误 2

zjxitcc · 发表于 Post on 2017-3-19 14:37:55

lsbaa1937 发表于 2017-3-19 14:21
老师你好我在安装并行版时出现以下错误并且没有.MPI后缀的文件是怎么回事
make[4]: *** [cpptraj] 错误 ...

这是报错之后的结果，报错信息恰这其上几行，应详细阅读其上几行的报错信息

lsbaa1937 · 发表于 Post on 2017-3-20 00:07:18

zjxitcc 发表于 2017-3-19 14:37
这是报错之后的结果，报错信息恰这其上几行，应详细阅读其上几行的报错信息

能帮我看一下这是什么原因吗

lsbaa1937 · 发表于 Post on 2017-3-20 00:15:37

zjxitcc 发表于 2017-3-19 14:37
这是报错之后的结果，报错信息恰这其上几行，应详细阅读其上几行的报错信息

dgesvd.f:(,text+0x3c9):undefined reference to"_gfortran concat string
dgesvd.f:(.text+exdae):undefined reference to "Lofortran concat string
/home/AMBER/amber14/lib/Liblapack.a(dormbr.o):In function "dormbr
dormbr.f:(.text+0x3a0):undefined reference to" ofortran concat string
dormbr.f:(.text+exsea):undefined reference to'gfortran concat string
dormbr.f:(.text+0x681):undefined reference to"gfortran concat string'
/hone/AMBER/amber14/lib/liblapack.a(dormbr.o):dormbr.f:(.text+0x6f9):more un
ined references to "_gfortran_concat string follow
/home/AMBER/amber14/lib/libblas.a(xerbla.o):In function xerbla
xerbla.f:(.text+0x77):undefined reference to "gfortrantext+0x57):undefined reference to "gfortran st write'
xerbla.f:(.text+0x77):undefined reference to "gfortrantext+0x67):undefined reference to"_gfortran transfer characte
xerbla.f:(.text+0x77):undefined reference to "gfortran trans
text+0x7f):undefined reference to" gfortran st write done
xerbla.f:(.text+0x89):undefined reference to "_ofortran_stop numeric
hake[4]:***[cpptrail 错误1
nake[4]:Leaving directory "/home/AMBER/amber14/AmberTools/src/cpptraj/src
hake[3]:***[parallel]错误2
iake[3]:Leaving directory "/home/AMBER/amber14/AmberTools/src/cpptraj
hake[2]:***[cpptraj]错误2
iake[2]:Leaving directory "/home/AMBER/amber14/AmberTools/src”
iake[1]:***[parallel]错误2
lake[1]:Leaving directory“/home/AMBER/amber14/AmberTools/src"
take:***[install]错误2

zjxitcc · 发表于 Post on 2017-3-20 13:46:36

lsbaa1937 发表于 2017-3-20 00:15
dgesvd.f:(,text+0x3c9):undefined reference to"_gfortran concat string
dgesvd.f:(.text+exdae):und ...

（1）能不能使用清楚的截图···那拍的图简直不能看····贴的文字里面错别字一堆；（2）这是否是错误最开始的地方？“其上几行”指的是回到上面错误一开始的地方，不是真的只抄上面几行···（3）上一步configure时是否有报错呢？

sobereva · 发表于 Post on 2017-3-20 16:09:38

lsbaa1937 发表于 2017-3-20 00:15
dgesvd.f:(,text+0x3c9):undefined reference to"_gfortran concat string
dgesvd.f:(.text+exdae):und ...

我用的ifort，你用的gfortran。改成ifort再按我文中的方法编译

lsbaa1937 · 发表于 Post on 2017-3-20 16:24:08

sobereva 发表于 2017-3-20 16:09
我用的ifort，你用的gfortran。改成ifort再按我文中的方法编译

是在config.h文件里面改吗

ggdh · 发表于 Post on 2017-3-31 08:03:18

今天安装amber16，找着这个帖子做，前面都很顺利，没有问题。
就是最后一步。在测试并行cuda的时候
我是44的cpu ，所以DO_PARALLEL设置为40
结果跑着很多测试就出现memory不足的错误。
我想，我一个GTX1080的显卡，运行这种测试小体系还会memory不足？
网上一查。发现在cuda+mpi的情况下，mpi -np x 里面的x是指gpu数量。而不是cpu数量。这样我设置为40就会导致1个GPU给分配了40个线程。所以才会内存不足。这样来看一般如果没有装双显卡，或者夸gpu节点并行。mpi+cuda没有啥必要了

mooninwhere · 发表于 Post on 2017-4-24 16:53:41

学习了，按照方法去按照一下，准备学习amber

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-21 18:01:03

数据挖掘发表于 2018-4-21 15:46
为什么不直接使用intel的mpi?
Amber 16 brings with it an additional flag (-intelmpi) to enable use of ...

或许可以，没尝试过
鉴于openmpi最为主流，凡是涉及MPI的我如今都用openmpi

数据挖掘 · 发表于 Post on 2018-4-22 11:04:16

sobereva 发表于 2018-4-21 18:01
或许可以，没尝试过
鉴于openmpi最为主流，凡是涉及MPI的我如今都用openmpi

谢谢

hxd_yi · 发表于 Post on 2018-7-3 21:30:46

我来提醒一个大坑：不能使用gfortran！不能使用gfortran！不能使用gfortran！
gfortran会卡死在编译过程中，而且不会报错。

sobereva · 发表于 Post on 2018-7-4 05:41:54

hxd_yi 发表于 2018-7-3 21:30
我来提醒一个大坑：不能使用gfortran！不能使用gfortran！不能使用gfortran！
gfortran会卡死在编译过程中 ...

对于目前和近期版本而言gnu编译器完全没问题

赵泽伟 · 发表于 Post on 2018-10-26 21:29:34

谢谢分享！

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