关于cp2k的metadynamics的后处理的问题

JCenter

丁越 发表于 2025-6-24 20:14
我不用cp2k自带的MTD模块，更推荐使用plumed, 输入文件写起来非常方便，比起cp2k的繁琐输入文件不知道都 ...

好嘞，感谢大佬。后面我再学习一下plumed插件。最后，若使用well-tempered metadynamics 设置偏置因子后是不是要做不同的偏置因子下的样本采集效率对比呢

丁越

JCenter 发表于 2025-6-24 21:58
好嘞，感谢大佬。后面我再学习一下plumed插件。最后，若使用well-tempered metadynamics 设置偏置因子后 ...

不用，花那时间不如多跑跑MTD了。

偏置因子gamma=(T + deltaT) / T, 高斯峰被scale的程度正比于exp(-V/K_B * deltaT),  也就是说当gamma越大时即deltaT越大，这个指数项也就越接近1，初期高斯峰很高就能迅速的促进相空间探索。反之当gamma设置过小时，高斯峰被scale的越小，更早的进入小振幅填充，虽然自由能面填充的比较精细了，但是就需要更长的模拟时间。同时也存在gamma过小时CV跨越势垒的能力就变得很差。所以gamma的选择与CV的势垒deltaG密切相关，经验原则是选取deltaG/K_B*T。

另外也要注意hill的初始高度的设置，一般原则也是设置几分之一的K_B*T, 最好不要超过体系的势垒。

JCenter

丁越 发表于 2025-6-25 22:00
不用，花那时间不如多跑跑MTD了。

偏置因子gamma=(T + deltaT) / T, 高斯峰被scale的程度正比于exp(-V ...

我也是这么理解的。但后面这句话是不是打错了呀：“gamma的选择与CV的势垒deltaG密切相关，经验原则是选取deltaG/K_B*T”。应该是kB*(T+daltaT)与deltaG相当，根据这个关系，就能得出deltaT值，从而确定偏置因子gamma值吧。即玻尔兹曼常数乘偏置后温度(T+deltaT)，而不是乘T。
此外，如果使用well-tempered方法，初始的峰高hill不需要按照kBT的几分之一吧。除非是使用标准mtd,每次加峰的高度都是一定的，这种情况下峰高越小更精确也更耗时。(如果是使用well-tempered方法，我不确定这里的kBT中的T是指T,还是指T+deltaT，请您指点一下)。随着步数的增加，添加的高斯峰都在scale，deltaT越高，添加的高斯峰峰高越来越小。这么看，初始峰高WW只要不超过能垒deltaG，一个低的初始峰高都可以吧。还请大佬谈下您的理解。