求助，gmx_MMPBSA计算最后结合能为什么是正的？

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-1-25 16:18:39

GROMACS模拟体系：蛋白与小分子的模拟，分别用CHARMM36力场与CGENFF，处理受体配体，50ns的模拟，最后我提取了其中5-15ns轨迹进行分析，使用sob老师推荐的gmx_MMPBSA工具计算，
mmpbsa.in文件就是默认的，如下所示，第一次用想测试一下
&general
sys_name="Prot-Lig-CHARMM",
startframe=1,
endframe=4,
verbose=2,
/
&pb
# radiopt=0 is recommended which means using radii from the prmtop file for both the PB calculation and for the NP
# calculation
istrng=0.15, fillratio=4.0, radiopt=0
/

这个是得到的结果
Differences (Complex - Receptor - Ligand):
Energy Component          Average             Std. Dev. Std. Err. of Mean
-------------------------------------------------------------------------------
BOND                      -0.0000             0.0001             0.0000
ANGLE                      -0.0000             0.0000             0.0000
DIHED                      0.0000             0.0000             0.0000
UB                         0.0001             0.0000             0.0000
IMP                      -0.0000             0.0000             0.0000
CMAP                      0.0000             0.0000             0.0000
VDWAALS                   -44.3062             2.6062             1.3031
EEL                      -47.3953             10.8838             5.4419
1-4 VDW                   0.0000             0.0001             0.0000
1-4 EEL                   0.0000             0.0000             0.0000
EPB                      94.7813             9.7231             4.8615
ENPOLAR                   -35.7200             0.9599             0.4800
EDISPER                   72.0924             0.9727             0.4864

DELTA G gas             -91.7014             9.0345             4.5172
DELTA G solv             131.1537             9.6301             4.8151

DELTA TOTAL                39.4523             1.4597             0.7298

请问是哪一步出问题了么？为啥会是则会是正的

sylar · 发表于 Post on 2022-1-25 16:59:19

轨迹看过了吗，选的这10ns底物有没有正确结合

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-1-25 23:26:52

sylar 发表于 2022-1-25 16:59
轨迹看过了吗，选的这10ns底物有没有正确结合

蛋白和配体是分子对接得到的，跑了50ns，配体相对于蛋白的RMSD稳定在0.2nm，轨迹也看了，看起来也合理，您的意思是说，它可能是结合方式不合理导致的结合能是正的，那么默认的mmpbsa.文件合理么？如若蛋白配体结合合理的话，还有其他原因导致结合能是正的么？

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-26 02:21:04

Amber可以实现不同的考虑溶剂效应的方式，可以尝试其它的

溪临昭煌 · 发表于 Post on 2022-1-26 10:39:44

老师您好，请问您用的系统是centos还是Ubuntu？

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-1-26 16:44:38

溪临昭煌发表于 2022-1-26 10:39
老师您好，请问您用的系统是centos还是Ubuntu？

ubuntu

溪临昭煌 · 发表于 Post on 2022-1-26 16:55:52

sun877469558 发表于 2022-1-26 16:44
ubuntu

好的，谢谢老师

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-1-26 17:10:14

sobereva 发表于 2022-1-26 02:21
Amber可以实现不同的考虑溶剂效应的方式，可以尝试其它的

感谢sob老师回复，曾经在一篇您博客文章里看到过
“目前Amber对隐式溶剂模型支持较好，支持GB、ALPB，也有内建的PB模块pbsa（老版本挂的是第三方的delphi）。而Gromacs在最新版本4.0.5中尚不支持GB/PB，需要外接第三方软件如APBS，但在接下来的版本中即将加入GB。”

我是不是可以理解为GROMACS不支持PB，gmx_MMPBSA是基于amber,MMPBSA.py的一个工具，归根结底还是用amber跑md后再计算MMPBSA最为稳妥？

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-26 21:07:36

sun877469558 发表于 2022-1-26 17:10
感谢sob老师回复，曾经在一篇您博客文章里看到过
“目前Amber对隐式溶剂模型支持较好，支持GB、ALPB，也 ...

不是
跑动力学方面完全不需要担心GROMACS程序本身的合理性。轨迹合理的前提是用的方式合理。AMBER的MMPBSA.py只是个后处理工具，和什么程序来跑轨迹是独立的。

dzdhp · 发表于 Post on 2022-7-23 12:41:19

您好，请问您最后解决这个问题了吗，我也遇到了相同的问题

sun877469558 · 发表于 Post on 2022-7-23 15:32:45

dzdhp 发表于 2022-7-23 12:41
您好，请问您最后解决这个问题了吗，我也遇到了相同的问题

后来我还是使用了Amber跑动力学，并使用MM/GBSA，使用GB原因1，速度快；2，在对于同一个小分子的体系中，GB计算出来的结果不比PB差（虽然PB更严谨）3，在数据上，GB算出来比PB更“负”

不过最终算出来结合能不是我们所认为的一定要非常负才是合理的数据，因为我是不同的酶的突变体与小分子之间结合能计算，并不是十分在意正负，我看的是与野生型相比的ΔΔG，最终的结果有正有负，我就直接往下做了

dzdhp · 发表于 Post on 2022-7-24 09:50:41

sun877469558 发表于 2022-7-23 15:32
后来我还是使用了Amber跑动力学，并使用MM/GBSA，使用GB原因1，速度快；2，在对于同一个小分子的体系中， ...

谢谢您的解答

charmm36 · 发表于 Post on 2023-2-17 23:22:55

sobereva 发表于 2022-1-26 02:21
Amber可以实现不同的考虑溶剂效应的方式，可以尝试其它的

社长，您好，能提供一下这个Table来自哪个文献吗？非常感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-18 06:29:15

charmm36 发表于 2023-2-17 23:22
社长，您好，能提供一下这个Table来自哪个文献吗？非常感谢！

就是Amber手册里的，把图中的一些词句在手册里一搜就能找到

charmm36 · 发表于 Post on 2023-2-18 09:43:46

sobereva 发表于 2023-2-18 06:29
就是Amber手册里的，把图中的一些词句在手册里一搜就能找到

好的，谢谢谢谢！

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