计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 5719|回复 Reply: 11
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[粗粒化/DPD] DPD模拟参数设置问题

[复制链接 Copy URL]

5

帖子

0

威望

17

eV
积分
22

Level 1 能力者

各位大佬,在盒子中能设置多条粗粒化模型吗?另求关于MS DPD的教程,有偿获取。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-1-21 19:19:26 | 只看该作者 Only view this author
说清楚具体什么程序,以及到底做什么的模拟
M$用DPD跑得动的东西换成免费的gromacs在GPU加速下全原子(或联合原子)都可能跑得动,没绝对必要甭用DPD
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

5

帖子

0

威望

17

eV
积分
22

Level 1 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-22 13:24:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 LYL941 于 2022-1-22 13:28 编辑
sobereva 发表于 2022-1-21 19:19
说清楚具体什么程序,以及到底做什么的模拟
M$用DPD跑得动的东西换成免费的gromacs在GPU加速下全原子(或 ...

我是使用MS的mesocite模块进行高分子聚合物的DPD模拟,只用了一条链,目前模拟计算的速度非常快,模拟完毕后粗粒化模型从盒子内扩张出来特别大范围。我没有经过系统的学习,全是自己摸索着来的,不知道模拟的过程中有没有参数设置错误的地方

86eff1935e39001a3d112ba348ad539.png (53.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 59)

模拟后

模拟后

模型.png (25.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 59)

模拟前

模拟前

4fe45ecbd5cc1d99d9692e42f8dc18f.png (70.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 50)

参数设置

参数设置

834d0ad1bd50d639fe02b03af07aa99.png (76.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 61)

参数设置

参数设置

5

帖子

0

威望

17

eV
积分
22

Level 1 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-22 13:26:31 | 只看该作者 Only view this author
C:\Users\Administrator\DesktopC:\Users\Administrator\Desktop这是模拟前后模型的状态

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2022-1-22 14:46:38 | 只看该作者 Only view this author
跑这么个体系用免费的GROMACS跑轻而易举,精度和可靠性还明显好于用DPD。对此体系用M$做DPD属于穷折腾,到时候还得花很多钱买M$,还容易遭质疑,到时候还极有可能被审稿人质问干嘛不用全原子力场跑。
如果是参考的老文章,趁早扔了,当年拿粗糙、经验性很强的DPD跑的模拟如今靠GPU加速全原子或联合原子力场跑起来都没有难度。
而且就算最后要跑有大量聚合物的很大体系,真的全原子跑着太费劲,还可以用粗粒化力场(如MARTINI力场,在GROMACS里跑聚合物的例子http://cgmartini.nl/index.php/tutorials-general-introduction-gmx5/martini-tutorials-polymers-gmx5),参数弄到GROMACS里直接就能用。就算退一万步,必须用DPD,那也应该优先考虑用比如主流且免费的lammps的DPD功能。不管从什么角度看,也轮不到用M$那个又贵又慢又极度非主流的DPD模块。

评分 Rate

参与人数
Participants 2
eV +8 收起 理由
Reason
LYL941 + 3 谢谢
lonemen + 5

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1480

帖子

0

威望

4543

eV
积分
6023

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2022-1-22 15:12:27 | 只看该作者 Only view this author
现身说法:当初放弃M$,转入gromacs,是我学术生涯中最正确的一次选择。

评分 Rate

参与人数
Participants 3
eV +7 收起 理由
Reason
corei70715 + 1
lonemen + 5
sobereva + 1 我很赞同

查看全部评分 View all ratings

又菜又爱玩

245

帖子

0

威望

2717

eV
积分
2962

Level 5 (御坂)

7#
发表于 Post on 2022-1-22 16:37:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-22 14:46
跑这么个体系用免费的GROMACS跑轻而易举,精度和可靠性还明显好于用DPD。对此体系用M$做DPD属于穷折腾,到 ...

谢谢社长推荐!

5

帖子

0

威望

17

eV
积分
22

Level 1 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-23 12:34:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-22 14:46
跑这么个体系用免费的GROMACS跑轻而易举,精度和可靠性还明显好于用DPD。对此体系用M$做DPD属于穷折腾,到 ...

您好,我的等级低无法私聊您发消息,不知道能否给我一个QQ、微信或者手机号的联系方式?我想向您请教一下关于MS和GROMACS做高分子聚合模拟的问题。

5

帖子

0

威望

17

eV
积分
22

Level 1 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-23 12:49:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-22 14:46
跑这么个体系用免费的GROMACS跑轻而易举,精度和可靠性还明显好于用DPD。对此体系用M$做DPD属于穷折腾,到 ...

您好,我昨天没叙述清楚,我是使用DPD来模拟高分子聚合物的微相分离结构,不知道使用GROMACS能否模拟的出来?另外我申请加入3群了,麻烦您通过一下吧

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2022-1-23 13:25:50 | 只看该作者 Only view this author
LYL941 发表于 2022-1-23 12:49
您好,我昨天没叙述清楚,我是使用DPD来模拟高分子聚合物的微相分离结构,不知道使用GROMACS能否模拟的出 ...

当然可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6

帖子

0

威望

13

eV
积分
19

Level 1 能力者

11#
发表于 Post on 2024-9-25 11:07:29 | 只看该作者 Only view this author
LYL941 发表于 2022-1-23 12:49
您好,我昨天没叙述清楚,我是使用DPD来模拟高分子聚合物的微相分离结构,不知道使用GROMACS能否模拟的出 ...

怎么加入群  我也想加入

6

帖子

0

威望

13

eV
积分
19

Level 1 能力者

12#
发表于 Post on 2024-9-25 11:09:22 | 只看该作者 Only view this author
DPD 模拟就只能是数密度为3,用nvt体系吗?不能换密度或者npt吗?真诚想知道答案啊
感谢感谢啊

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 18:36 , Processed in 0.280019 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list