求助：vasp静电势可以用multiwfn做吗？

卡开发发 · 发表于 Post on 2024-4-11 02:08:53

Lily酱发表于 2024-4-10 15:21
我刚刚开始学QE，是不是先结构优化后，用优化后的结构再自洽计算，然后再用pp.x输出密度和静电势？但我就 ...

1、优化后的结构一般在pw的out文件比较靠后的位置，输出格式几乎和输入的格式接近，这样你只要将原本的输入文件复制一份微调（如结构优化改成自洽），然后将out里面最后的结构信息直接复制粘贴到改过的输入文件中继续进行计算即可。
2、plot_num对密度用0，静电势用11。
3、用cube也可以，本质上没什么不同。原则上，可以用output_format，5=cube，6=xsf。
4、之后操作没什么不同。

另:*.vesta的网格数据必须带着原始的cube、xsf一起传其他人才能看到你的网格数据，实在不行你可以截图，我这我们私下讨论。不一样的原因比较多，需要逐一排查。

Lily酱 · 发表于 Post on 2024-4-11 11:21:58

本帖最后由 Lily酱于 2024-4-11 11:24 编辑

卡开发发发表于 2024-4-11 02:08
1、优化后的结构一般在pw的out文件比较靠后的位置，输出格式几乎和输入的格式接近，这样你只要将原本的输 ...

老师您好，我根据您的步骤和教程导出了xsf文件，将out的xsf文件导入VESTA，然后在volumetric Data里将密度导入Isosurface，将静电势导入Surface coloring，得到了静电势分布。我将VASp和QE做出的原文件xsf和做好的图都放在云盘里，请您帮我看一下，谢谢老师！不知道是不是因为VASP的只是结构优化了，而QE是结构优化+SCF计算了的原因。VASP做出来氧原子是蓝色，QE做出来是红色的
静电势
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卡开发发 · 发表于 Post on 2024-4-11 13:06:26

Lily酱发表于 2024-4-11 11:21
老师您好，我根据您的步骤和教程导出了xsf文件，将out的xsf文件导入VESTA，然后在volumetric Data里将密 ...

我拿你的数据测试下来基本大差不差，等值面你不要设置到很大（例如0.05），那样会靠近原子芯很近，而因为赝势/PAW的差异原子芯附近的静电势数据不同程序给出来的就是不一样的。

Lily酱 · 发表于 Post on 2024-4-11 13:20:33

卡开发发发表于 2024-4-11 13:06
我拿你的数据测试下来基本大差不差，等值面你不要设置到很大（例如0.05），那样会靠近原子芯很近，而因为 ...

好的谢谢老师！我还有一个问题，就是我想做二氧化硅表面吸附分子，但是XRD测出来是无定形的二氧化硅，是不是就不能用晶体切面再建真空层的模型了？如果是无定形二氧化硅是不是就不能用QE了？（因为我看教程上说QE适用于周期性体系，且要开对称性）那这种情况怎么处理比较好呢？

卡开发发 · 发表于 Post on 2024-4-11 13:25:02

本帖最后由卡开发发于 2024-4-11 13:28 编辑

Lily酱发表于 2024-4-11 13:20
好的谢谢老师！我还有一个问题，就是我想做二氧化硅表面吸附分子，但是XRD测出来是无定形的二氧化硅，是 ...

无定型（非晶或是说玻璃态）的计算比较困难，通过量子化学方法很难进行处理，这种情况一般我都劝退。如果吸附的分子不牵扯到成断键，也许使用力场/神经网络势可以作为一种选择，然后要做比较大尺寸的模型（估计这时候晶面可能都没办法定义），但这种体系我没有什么经验，给不了太好的建议。

Lily酱 · 发表于 Post on 2024-4-11 13:32:23

卡开发发发表于 2024-4-11 13:25
无定型（非晶或是说玻璃态）的计算比较困难，通过量子化学方法很难进行处理，这种情况一般我都劝退。如果 ...

好的！谢谢老师！还有一个小问题，就是QE计算的话对称性是必须打开的吗？那如果晶体表面吸附分子了不是就不对称了吗？还需要打开对称性吗？

Lily酱 · 发表于 Post on 2024-4-11 15:24:35

卡开发发发表于 2024-4-11 13:06
我拿你的数据测试下来基本大差不差，等值面你不要设置到很大（例如0.05），那样会靠近原子芯很近，而因为 ...

对了老师，是不是CP2K也可以类比类似的方法输出了结构xsf文件、静电势和密度的cube文件，用QE一样的操作在VESTA里画静电势图？

卡开发发 · 发表于 Post on 2024-4-11 19:19:30

Lily酱发表于 2024-4-11 15:24
对了老师，是不是CP2K也可以类比类似的方法输出了结构xsf文件、静电势和密度的cube文件，用QE一样的操作 ...

可以。

卡开发发 · 发表于 Post on 2024-4-11 19:20:07

Lily酱发表于 2024-4-11 13:32
好的！谢谢老师！还有一个小问题，就是QE计算的话对称性是必须打开的吗？那如果晶体表面吸附分子了不是就 ...

不是必须打开，甚至特定的情况要关闭，这个问题具体要看研究的体系。

Lily酱 · 发表于 Post on 2024-4-11 19:43:09

卡开发发发表于 2024-4-11 19:20
不是必须打开，甚至特定的情况要关闭，这个问题具体要看研究的体系。

非常感谢老师！

浩爷宝 · 发表于 Post on 2024-5-10 17:07:36

卡开发发发表于 2021-10-13 06:38
没那么复杂，有LOCPOT和CHGCAR直接用VESTA或VMD就直接能做，犯不上做转换。

方案1，用VESTA。先把CHGC ...

卡大，想请问一下有没有碰到VESTA导入CHGCAR和LOCPOT然后就崩掉的情况吖，分别单独导入都没事Import之后就崩了

卡开发发 · 发表于 Post on 2024-5-11 00:10:58

浩爷宝发表于 2024-5-10 17:07
卡大，想请问一下有没有碰到VESTA导入CHGCAR和LOCPOT然后就崩掉的情况吖，分别单独导入都没事Import之后 ...

没遇到过这种情况，如果实在不行你可以试试用VMD或者GV画（不过GV的性能大概率会比较感人），其实可选的程序还很多，操作都比较相似。

KP-wooo · 发表于 Post on 2024-5-12 12:35:48

ymeng 发表于 2021-10-16 22:26
社长我又带着问题来了。
1.对于自旋极化的情况，在Multiwfn上传LOCPOT时，显示的是是否要上传beta电子代 ...

"1.对于自旋极化的情况，在Multiwfn上传LOCPOT时，显示的是是否要上传beta电子代替alpha电子？这里不应该是两种电子都要选择吗？"
请问这种情况改怎么处理呢

ginlpein · 发表于 Post on 2024-7-9 03:04:43

卡开发发发表于 2021-10-13 06:38
没那么复杂，有LOCPOT和CHGCAR直接用VESTA或VMD就直接能做，犯不上做转换。

方案1，用VESTA。先把CHGC ...

老师方便详细讲一下电荷重整化引起的常数该如何扣除的问题吗？您提到的真空能级在VASP或CP2K里面具体该做哪类计算？
近期模拟一个材料，我做二维单分子层(上下偶极不对称)slab模型(15A真空层)的时候绘制的ESP没什么大问题，但单分子层在Z方向堆叠形成孔道后，ESP的0点就明显发生了漂移，我希望是能够考察孔道内的静电势，请问该如何正确的去扣掉这个周期性导致的背景？

卡开发发 · 发表于 Post on 2024-7-9 11:08:59

ginlpein 发表于 2024-7-9 03:04
老师方便详细讲一下电荷重整化引起的常数该如何扣除的问题吗？您提到的真空能级在VASP或CP2K里面具体该做 ...

前面提到了要先得到xy平均后的静电势V(z)，然后找V(z)平缓段。如果是三维周期边界的结构，可能定不出这个0点只能通过其他方法对能级进行间接对齐。

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[VASP] 求助：vasp静电势可以用multiwfn做吗？