怎么计算两个轴手性分子的过渡态？菜鸟一枚，希望解答者说的详细一点，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-13 23:00:47

做个N-C键旋转的柔性扫描，如果有个能量极大点，而且看着像过渡态的模样，将之作为opt=TS找过渡态的初猜

参考
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html）
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460（http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html）

但肖 · 发表于 Post on 2021-8-14 09:39:04

sobereva 发表于 2021-8-13 23:00
做个N-C键旋转的柔性扫描，如果有个能量极大点，而且看着像过渡态的模样，将之作为opt=TS找过渡态的初猜

...

那我是选择以C-N键为轴的一个二面角吗？如果是的话，二面角的选择会影响扫描的结果吗？

ahxb · 发表于 Post on 2021-8-14 11:00:35

但肖发表于 2021-8-14 09:39
那我是选择以C-N键为轴的一个二面角吗？如果是的话，二面角的选择会影响扫描的结果吗？

是的，尽量选择分子骨架上的二面角，在这个分子里选择哪个二面角没有区别。注意你这分子中二面角的两个变化方向都是可能的，要算出两个变化方向上的过渡态，然后比较活化能和速率常数
其实这种大小的有机分子做柔性扫描总可以试试pm6d3，在自己的笔记本电脑上五分钟就能出结果，不行再想别的办法

但肖 · 发表于 Post on 2021-8-14 11:25:37

ahxb 发表于 2021-8-14 11:00
是的，尽量选择分子骨架上的二面角，在这个分子里选择哪个二面角没有区别。注意你这分子中二面角的两个变 ...

好呢，谢谢你哦。

但肖 · 发表于 Post on 2021-8-31 09:02:20

sobereva 发表于 2021-8-13 23:00
做个N-C键旋转的柔性扫描，如果有个能量极大点，而且看着像过渡态的模样，将之作为opt=TS找过渡态的初猜

...

老师，我把能量最高点提出来，然后用这个命令# opt(calcfc,ts,noeigen) b3lyp/genecp 5d freq=noraman scrf(smd,read,solv=Chloroform)，得到一个虚频的结构，把这个结构提出来用# b3lyp def2svp 5d irc(calcfc,LQA,maxpoints=200,stepsize=5)做了一个IRC,我怎么确定这就是我要的过渡态啊？

但肖 · 发表于 Post on 2021-8-31 09:08:36

sobereva 发表于 2021-8-13 23:00
做个N-C键旋转的柔性扫描，如果有个能量极大点，而且看着像过渡态的模样，将之作为opt=TS找过渡态的初猜

...

C:\Users\XY666\Desktop

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-31 13:37:42

但肖发表于 2021-8-31 09:08

发帖之后仔细检查自己的帖子
发个C:\Users\XY666\Desktop叫怎么回事。仔细看置顶的新社员必读贴了解发帖规则

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-31 13:39:18

但肖发表于 2021-8-31 09:02
老师，我把能量最高点提出来，然后用这个命令# opt(calcfc,ts,noeigen) b3lyp/genecp 5d freq=noraman sc ...

甭写5d、noraman这些垃圾关键词，仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331（http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html）
本来genecp和def2-SVP都是默认5d还写它干嘛

前面用genecp，后头用def2-SVP，根本不对应，IRC哪能这么跑。仔细看此文了解基本知识
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400（http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html）

IRC成功跑完后分别冲着反应物和产物走显然就是想要的过渡态

但肖 · 发表于 Post on 2021-8-31 15:46:20

sobereva 发表于 2021-8-31 13:37
发帖之后仔细检查自己的帖子
发个C:%users\XY666\Desktop叫怎么回事。仔细看置顶的新社员必读贴了解发帖 ...

老师，非常抱歉哈，我以为删掉了，结果没有删掉。

但肖 · 发表于 Post on 2021-9-21 11:01:27

sobereva 发表于 2021-8-13 23:00
做个N-C键旋转的柔性扫描，如果有个能量极大点，而且看着像过渡态的模样，将之作为opt=TS找过渡态的初猜

...

老师，扫描二面角后，发现下面碘在五元环和苯环下面能量都比较高（在苯环下面能量最高），做了一个过渡态初猜，优化出来后感觉都是下面苯环在左右振动，做了irc，都能跑出来（碘在苯环这边irc容易报错），但是曲线很不平滑，曲线上某些点还是五元环上甲基在振动，算了一下△G，从五元环这边转过去大概是15Kcal/mol，从苯环转过去大约30Kcal/mol，这种我怎么确定过渡态到底是哪种？如果要有轴手性，这个△G应该是多少啊？

但肖 · 发表于 Post on 2021-9-21 11:34:53

ahxb 发表于 2021-8-14 11:00
是的，尽量选择分子骨架上的二面角，在这个分子里选择哪个二面角没有区别。注意你这分子中二面角的两个变 ...

轴手性需要活化能大还是小啊？太小了或者是太大了是不是就没有轴手性啊？

sai77 · 发表于 Post on 2021-11-10 13:43:57

本帖最后由 sai77 于 2021-11-10 13:45 编辑

但肖发表于 2021-9-21 11:34
轴手性需要活化能大还是小啊？太小了或者是太大了是不是就没有轴手性啊？

旋转能垒一般需要30 kcal/mol以上才能形成稳定的轴手性，半衰期以月甚至年计；20-30 kcal/mol的轴手性不稳定，室温下几天甚至几个小时就消旋了。

ref to: ChemMedChem 2011, 6, 505 – 513

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