求助用GROMACS处理轨迹的问题（使用VMD看）

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2021-7-5 09:12:23

本帖最后由 ONTHEWAY 于 2021-7-5 09:15 编辑

请问用GROMACS有可以分别处理我的这个构型的下部基底和上部溶剂分子部分的方法吗
（就是可以下部分用-pbc nojump，上面的用 -pbc mol 分别处理吗）

Kangtor · 发表于 Post on 2021-7-5 09:25:18

不太明白你的问题的想要干什么？ -pbc mol 是想要保证跨过盒子的分子保证完整，而-pbc nojump是为了让分子连续运动

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-5 09:26:16

没法按照空间进行区分，顶多提供索引文件并按照组来进行分别处理

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2021-7-5 09:39:27

sobereva 发表于 2021-7-5 09:26
没法按照空间进行区分，顶多提供索引文件并按照组来进行分别处理

好的谢谢老师

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2021-7-5 09:42:48

sobereva 发表于 2021-7-5 09:26
没法按照空间进行区分，顶多提供索引文件并按照组来进行分别处理

老师如果按照组分是只能分别把每个组单独保存吗能把整个体系保存在一起吗？

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2021-7-5 09:45:33

Kangtor 发表于 2021-7-5 09:25
不太明白你的问题的想要干什么？ -pbc mol 是想要保证跨过盒子的分子保证完整，而-pbc nojump是为了让分子 ...

我是想让盒子上部的溶剂分子用-pbc mol处理，下面的基底是-pbc nojump处理（就是让基底的分子连续运动）

Kangtor · 发表于 Post on 2021-7-5 11:55:24

ONTHEWAY 发表于 2021-7-5 09:45
我是想让盒子上部的溶剂分子用-pbc mol处理，下面的基底是-pbc nojump处理（就是让基底的分子连续运 ...

我没有这样处理过。你看看加上索引文件试试，但是我不明白你分开处理是想要干什么。况且这样处理会出问题的

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2021-7-5 14:21:54

Kangtor 发表于 2021-7-5 11:55
我没有这样处理过。你看看加上索引文件试试，但是我不明白你分开处理是想要干什么。况且这样处理会出问题 ...

好的谢谢

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2021-7-5 14:39:11

请问我用-pbc mol处理后这个基底发生了变化（用-pbc nojump 处理后基底结构有部分原子也跑到其他地方了，但上面的部分溶剂分子被截断了）这样该怎么处理？1图用-pbc mol处理的结构（好像是基底右边的部分跑到了左侧，而且没有和主体连接的部分（图2 红圈部分）也不知道跑哪了）
2图用-pbc nojump处理的结构部分基底分子跑到了其他地方（绿圈的部分）
3 mdp文件

Kangtor · 发表于 Post on 2021-7-5 19:30:23

ONTHEWAY 发表于 2021-7-5 14:39
请问我用-pbc mol处理后这个基底发生了变化（用-pbc nojump 处理后基底结构有部分原子也跑到其他地方了 ...

-pbc mol 处理后的结构是保持分子完整的，不会被盒子（周期性边界）截断，但是轨迹中分子运动看起来不是连续的，会从另一边进入盒子。 nojump的处理是使分子连续运动，不让它看起来从另一边进入。
应该先mol 处理再 nojump处理，这样你的分子保持完整的前提下，运动也是连续的

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2021-7-5 20:14:58

Kangtor 发表于 2021-7-5 19:30
-pbc mol 处理后的结构是保持分子完整的，不会被盒子（周期性边界）截断，但是轨迹中分子运动看起来不是 ...

好的谢谢您

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